如何使用 R 中的 pheatmap 将色阶锚定到每行的最小值/最大值答案

【问题标题】：How to anchor color scale to the min / max for each row using pheatmap in R如何使用 R 中的 pheatmap 将色阶锚定到每行的最小值/最大值
【发布时间】：2019-06-19 15:44:48
【问题描述】：

我目前在 R 中使用 pheatmap 从单细胞数据创建基因表达的热图。

我目前遇到的问题是我似乎无法复制其他热图生成器（例如 Morpheus）中使用的相对色标：https://software.broadinstitute.org/morpheus/

详细地说，在 Morpheus 中，色标可以锚定到每行的最小和最大表达式值。例如，假设色标很简单，例如c('dark_blue', 'blue', 'bright_blue', 'white', 'bright_red', 'red', 'dark_red')，我提供了一个看起来像t(data.frame(row1=c(0, 1, 2, 3, 4, 5, 6), row2=c(10, 11, 12, 13, 14, 15, 16))), 的矩阵，Morpheus 将在第一行着色 0 深蓝色和 6 深红色，而 10 将是深蓝色，而 16 将是第二排是深红色。然后颜色条代表每行的相对最小值和最大值。

请注意，这与简单地缩放数据不同，这是我在 pheatmap 中一直在做的事情。问题是，如果我有t(data.frame(row1=c(1, 2, 3, 4, 5, 6), row2=c(10, 0, 0, 0, 0, 0))) 之类的东西，那么即使缩放数据也不允许将 6（缩放后约 1.34）染成深红色，因为色标固定在最小值（缩放后约 -0.41）和整个热图的最大值（缩放后~2.04）。

我不怀疑有一种简单的方法可以实现这一点，但我无法通过查看基本文档来弄清楚。我也明白以这种方式显示热图不会允许基因之间进行任何比较，但这对我的使用而言并不是特别重要。

【问题讨论】：

标签： r heatmap pheatmap

【解决方案1】：

您可以像这样按行缩放数据：

mat <- t(data.frame(row1=c(0, 1, 2, 3, 4, 5, 6), row2=c(10, 11, 12, 13, 14, 15, 16)))
mat2 <- t(apply(mat, 1, scale))

然后pheatmap 具有参数cluster_cols，您可以将其设置为FALSE。将它们放在一起，这将使最终热图中的 0 和 10 都是深蓝色

pheatmap(mat2, cluster_cols = F)

【讨论】：

我应该再澄清一点。在使用 pheatmap 创建热图时，我已经在缩放数据。对于我给出的第一个示例集，尽管方法不同，但 Morpheus 和 pheatmap 之间的结果将是相同的。对于第二个示例，pheatmap 将生成一个热图，其中 10（缩放后约 2.04）将是深红色，而 6（缩放后约 1.34）将不是，尽管它是该行中的最高值。 Morpheus 会生成一个热图，其中 1 和 0 都是深蓝色，而 6 和 10 是深红色，因为它们是各自行的最小值和最大值。
使用此数据 mat <- t(data.frame(row1=c(1, 2, 3, 4, 5, 6), row2=c(10, 0, 0, 0, 0, 0))) 运行相同的代码。 6 和 10 是红色的，10 是暗的，因为它更像是一个异常值。