pheatmap：使用从最大到最小的梯度独立地为矩阵的每一行着色答案

【问题标题】：pheatmap: color each row of a matrix independently using a gradient from max to minpheatmap：使用从最大到最小的梯度独立地为矩阵的每一行着色
【发布时间】：2021-09-27 13:18:38
【问题描述】：

我正在尝试显示矩阵中每一行的颜色（最小到最大渐变）：

 [1,]  8 12   11  5   24
 [2,]  1  2    7  0    8
 [3,] 53 99 1501 15 9859
 [4,] 59 24   19 19   32
 [5,]  4  2   11  0   68
 [6,]  4  9  177  2  710
 [7,]  2  1    2  2    3
 [8,]  0  5  133  0 2195
 [9,]  3  3    2  1   15
[10,]  0  1    0  0   14
[11,]  0  3   21  0   17
[12,]  2  1    2  0    6
[13,] 11 26   22  3   16
[14,]  6 38  217  1  354
[15,]  3 10   17  0   68
[16,]  3  3   12  2   19
[17,]  7  5   26  1   40
[18,]  1  0    6  0   27
[19,]  1  0   37  0  434
[20,] 30 15   20  9   27

我的代码如下：

RT<-read.table("tmp",header=FALSE,sep="\t");
mat <-data.frame(RT)
pheatmap(mat, scale = "row",cluster_cols=FALSE,cluster_rows = FALSE, row.names =FALSE);
dev.off()

我收到了以下图片：

正如您在第二行中看到的，最大值需要为红色，但它是橙色的，因为第二行的第 3 列和第 5 列具有相似的值。我想做最大值是红色，最小值是蓝色，红色，黄色和蓝色之间的渐变，对于每一行的最大值和最小值之间的值独立。 0 总是蓝色的。只有相同的值才能获得相同的颜色。我尝试了R: Row scaling not working correctly for heatmap 的其他解决方案，但这对我不起作用。请帮忙。

【问题讨论】：

标签： r pheatmap

【解决方案1】：

我尝试了一些方法，我想我可能有一个接近的答案：

A) 将每一行除以它的最大值。

 xx <- apply(mat,1, function(i) i/max(i));

B) 最小值始终为 0。因此，我将每行的最小值转换为 0。

xx1<-t(apply(xx, 1, function(x) replace(x, x== min(x), 0.0)))
pheatmap(xx1, scale = "none",cluster_cols=FALSE,cluster_rows = FALSE, row.names =FALSE);
dev.off()

这似乎可行，但还可以做得更好。

【讨论】：