corrplot和相关矩阵的pheatmap之间的区别？如何使两者之间保持一致答案

【问题标题】：difference between corrplot and pheatmap of correlation matrix? how to make it consistent between the twocorrplot和相关矩阵的pheatmap之间的区别？如何使两者之间保持一致
【发布时间】：2021-09-15 15:54:32
【问题描述】：

我注意到 corrplot 制作的相关图与 pheatmap 制作的相关图不同。原始数据： enter link description here

corrplot 中的相关矩阵，

count = read.csv('data_here.csv') 
mtx = cor(count, method = 'kendall')

corrplot(mtx, method="color", tl.cex = .35, 
         order="hclust", hclust.method = 'complete')

想在绘图的轴上添加树状图，但使用 ccorrplot 没有弄清楚... 所以我尝试了 pheatmap，

mtx %>% pheatmap(
fontsize = 3,
clustering_method = 'complete')

很明显，这两个包的聚类方式不同。例如，基因 RSPO3

【问题讨论】：

标签： correlation r-corrplot pheatmap

【解决方案1】：

受这篇文章的启发， https://www.datanovia.com/en/blog/clustering-using-correlation-as-distance-measures-in-r/

这样想出来的！

pheatmap(mtx,
fontsize = 3,
clustering_distance_cols = as.dist(1 - mtx),
clustering_distance_rows = as.dist(1 - mtx)
)

【讨论】：