【问题标题】：How to install R packages that are not available in "R-essentials"?如何安装“R-essentials”中不可用的 R 包？
【发布时间】：2016-04-14 20:09:45
【问题描述】：

我使用开箱即用的 Anaconda 安装来使用 Python。现在我已经读到，也可以在此安装中“包含”R 世界，并在 Jupyter/Ipython 笔记本中使用 IR 内核。

我找到了安装许多著名 R 包的命令： conda install -c r r-essentials

我的初学者问题：

如何安装 R-essential 包中未包含的 R 包？例如 CRAN 上可用的 R 包。 “pip”仅适用于 PyPI Python 包，不是吗？

【问题讨论】：

如果您通过常规的install.packages（来自 CRAN 镜像）或devtools::install_github（来自 GitHub）从 R 内部安装包，它们可以正常工作。
谢谢！也许这是最简单的方法。我会将您的评论添加到答案中。
@alistaire 对于在 R 中通过 install.packages 安装的软件包，它们是否需要与 Anaconda 位于同一目录中？我尝试在 Jupyter 的 R 中加载已安装的包，但不起作用。你能更具体地说明你是如何工作的吗？谢谢！
@SeanM 不，除了在 Jupyter 中加载之外，我的与 Anaconda 完全无关。默认安装位置在 R 框架内：Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library。 install.packages 通过调用 .libPaths() 获取该路径，如果您想查看它们的位置，您可以自己完成。通过 R.app、RStudio 和 R Jupyter notebook 安装都将它们放在同一个地方，这是 R 去寻找它们的地方——library 也调用.libPaths。如果你愿意，你可以和.libPaths() 混在一起（见?.libPaths），但我不推荐它。
@alistaire 我遇到了install.packages 方法的问题。简而言之，它以sh: symbol lookup error: sh: undefined symbol: rl_signal_event_hook 失败。完整的细节在this question。如果你们采用这种方法，我将非常感谢您指出我做错了什么。

标签： python r anaconda conda

【解决方案1】：

现在我找到了文档：

这是解释如何生成仅在 CRAN 存储库中可用的 R 包的文档： https://www.continuum.io/content/conda-data-science

转到“构建 conda R 包”部分。

（提示：只要 R 包在 anaconda.org 下可用，请使用此资源。请参阅此处：https://www.continuum.io/blog/developer/jupyter-and-conda-r）

alistaire 的回答是添加 R 包的另一种可能性：

如果您通过常规的install.packages（来自 CRAN 镜像）或devtools::install_github（来自 GitHub）从 R 内部安装包，它们可以正常工作。 @alistaire

如何做到这一点： 打开你的（独立的）R 安装，然后运行以下命令：

install.packages("png", "/home/user/anaconda3/lib/R/library")

将新包添加到 Jupyter 使用的正确 R 库中，否则该包将安装在 中提到的 /home/user/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.2/png/libs 中.libPaths() .

【讨论】：

你也可以使用.libPaths来设置你想要安装包的路径，如果你给它一个参数的话；见?.libPaths。
您也可以在 Jupyter 单元格中运行 install.packages：install.packages('package name', 'installation path (ending with Anaconda3\R\library\learningr)', repo='repo link. Check https://cran.r-project.org/mirrors.html')。 repo 存在是因为在 Jupyter 中安装软件包时需要指定 repo，否则会抛出 trying to use CRAN without setting a mirror 错误。
提供的网址已失效
我发现.libPaths()[2] 包含"~/.conda/envs/<ENV_NAME>/lib/R/library" 的路径。所以你可以做install.packages("png", .libPaths()[2])。

【解决方案2】：

在 Jupyter 上安装 R-essentials 之外的其他 R 包

install.packages('readr', repos='http://cran.us.r-project.org')

一个问题是特定存储库是US.R-Project（如下所示）。我尝试了其他方法，但没有成功。

注意将readr 替换为任何想要安装的包名。

【讨论】：

【解决方案3】：

这是一个以 conda 为中心的答案。它建立在 Frank 的回答和 continuum 网站：https://www.continuum.io/content/conda-data-science 之上，并提供了更多细节。

一些在 r-essentials 中不可用的包仍然可以在 conda 频道上使用，在这种情况下，很简单：

conda config --add channels r
conda install r-readxl

如果你需要构建一个包并使用 conda 安装：

conda skeleton cran r-xgboost
conda build r-xgboost
conda install --use-local r-xgboost

continuum 网站中没有最后一行，因为他们认为它首先发布到 anaconda 存储库。没有它，任何东西都不会放在 envs/ 目录中，并且命令行 R 或 Jupyter 将无法访问该包。

在 Mac 上，我发现为包构建安装 Clang 编译器很重要：

conda install clangxx_oxs-64

【讨论】：

对我来说，这个答案只适用于某些包。对于其他包，我在第二步 conda build r-xgboost 时遇到错误。 “make：/home/user/anaconda3/conda-bld/r-matrixstats_1516727877269/_h_env_placehold_pl/bin/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-cc：找不到命令make：*** [/home/user/anaconda3/conda- bld/r-matrixstats_1516727877269/_h_env_placehold_pl/lib/R/etc/Makeconf:160: 000.init.o] 错误 127 错误: 包 'matrixStats' 编译失败"
@burton030 我似乎遇到了同样的错误。你找到解决办法了吗？
嘿，这个答案对我有用，但我无法使用 mro-base 将这些包安装到 r 环境中。相反，它必须是 r-base。您是否知道为 mro-base 构建软件包的任何方法，或者这是否需要像 conda skeleton mran r-mice 这样的东西，目前不存在？

【解决方案4】：

我找到了一个简单的解决方法。我想你有一个 RStudio IDE 适合你。为此使用 RStudio 很奇怪，但我直接从终端中的 R 尝试过，但它没有用。因此，在 RStudio 控制台中，只需像往常一样添加 anaconda 目录的路径（在 OSX 中，'/Users/yourusernamehere/anaconda/lib/R/library'）

例如，

install.packages('package','/Users/yourusernamehere/anaconda/lib/R/library')

我为发布这样一个不花哨的答案而感到羞耻，但这是唯一对我有用的答案。

【讨论】：

我很惊讶这个解决方案对我有用，但它真的就这么简单。
我试过了，但我仍然收到非零退出状态错误。

【解决方案5】：

在此处添加它，以便其他已经使用 Python 使用 Jupyter 笔记本并有兴趣将其与 R 一起使用的初学者：可以使用用于安装基本包的相同命令通过终端安装可用于 Anaconda 的其他包。

安装 r-essentials

conda install -c r r-essentials

安装 microbenchmark（用于准确测量和比较 R 表达式执行时间的基础设施）

conda install -c r r-microbenchmark

【讨论】：

【解决方案6】：

从命令行安装 CRAN 包：

R --slave -e "install.packages('missing-package', repos='http://cran.us.r-project.org')"

【讨论】：

道具！它有效，并且是最简单的解决方案:)

【解决方案7】：

我在尝试使用带有 r-essentials 的 conda 中的 install_github("user/package") 从 github 安装软件包时遇到问题。错误是多方面的，而且不是描述性的。

能够使用以下步骤解决问题：

在本地下载并解压包
激活正确的 conda 环境（如果需要）
从命令行运行 R
library(devtools)
install('/path/to/unzipped-package')
由于缺少依赖项而导致命令失败，但现在我知道缺少什么了！
对所有依赖项运行 install.packages('missing-package', repos='http://cran.us.r-project.org')
再次运行install('/path/to/unzipped-package')。现在应该可以了！

【讨论】：

【解决方案8】：

使用 conda 安装 rpy2 并在您的 Jupyter 笔记本中添加以下行。

%load_ext rpy2.ipython

在接下来的块中，您可以通过指定 %R 来简单地运行任何 r 代码

以下是我最喜欢的安装和/或加载 r 包的方法

%R if (!require("pacman")) install.packages("pacman")
%R pacman::p_load(dplyr, data.table, package3, package4)

p_load 参数将安装+加载包如果它不在你的库中，否则它只会加载它。

【讨论】：

【解决方案9】：

有人提出了一种不太优雅的解决方法，但实际上只要它工作正常就没有关系。

install.packages('package','/Users/yourusernamehere/anaconda/lib/R/library')

我花了几乎整个上午的时间来寻找这个问题的答案。我能够在 RStudio 上安装库，但不能在 Jupyter Notebook 上安装库（它们有不同版本的 R）上述解决方案“几乎”有效，只是我发现 Jupyter Notebook 试图安装在不同的目录中，它会报告什么目录。所以我只改变了它，它就像一个魅力......感谢 Dninhos

【讨论】：

【解决方案10】：

使用 Conda Forge

距最初的问题五年后，我断言更现代的解决方案只是：使用Conda Forge。 Conda Forge 频道不仅提供了更广泛的 CRAN 覆盖范围，而且还具有简单的程序和很长的周转时间（通常在 24 小时以下），可以将缺少的 CRAN 包添加到频道中。

从 Conda Forge 开始

我建议将 Conda Forge 用于完整堆栈，并为您需要的每个 R 版本使用专用环境。

conda create -n r41 -c conda-forge r-base=4.1 r-irkernel ...

其中... 是您需要的任何附加包（如r-tidyverse）。 r-irkernel 包是可选的，但包含在此处是因为 OP 提到在 Jupyter 中使用 R。

如果您的带有 Jupyter 的环境（应该在单独的环境中）也安装了 nb_conda_kernels，那么 Jupyter 将自动发现此环境。

从 Conda Forge 安装

通常，CRAN 上的所有 R 包在 Conda Forge 上的包名称前都有一个 r- 前缀。所以，如果你感兴趣的包是pkgname，先试试

conda install -n r41 -c conda-forge r-pkgname

如果包不可用，则继续添加或请求它。

使用 Conda R Skeleton Helper 提交 CRAN 包

有一个有用的脚本集合，称为 conda_r_skeleton_helper，用于为 CRAN 包创建新的 Conda Forge 配方。 the README有明确的指示。

概括地说，一个人会

克隆conda_r_skeleton_helper 存储库
编辑packages.txt 文件以包含r-pkgname
运行脚本生成配方
派生并克隆conda-forge/staged-recipes
将新配方文件夹复制到stage-recipes/recipes 文件夹
提交更改，推送到分支，然后将拉取请求提交回 Conda Forge

这可能需要大约 15 分钟的工作时间。提交后，大多数包在 24 小时内被接受、输入并部署到 Conda Forge 渠道。一旦原料启动并运行，Conda Forge 基础架构使用机器人自动检测版本更新、生成新的拉取请求，甚至自动合并成功构建的拉取请求。也就是说，维护人员的工作量非常小，如果出现问题，可以有一个团队来提供帮助。

提交包裹申请

对于不喜欢创建和维护 Conda Forge 构建的用户，可以通过 filing a new Issue 在 Conda Forge 的 staged-recipes 存储库中请求软件包。 Package Request 有一个模板，其中包含一些需要填写的信息字段。

【讨论】：