模拟钙基线的真实噪声答案

【问题标题】：Simulating realistic noise for a calcium baseline模拟钙基线的真实噪声
【发布时间】：2016-01-25 16:29:51
【问题描述】：

感谢真正令人惊叹的社区，我的项目组离模拟逼真的钙基线噪音更近了一步。

我在数学模型中模拟了典型的钙运动：

感谢社区，我可以在不切实际的基线中添加随机噪音：

但是，噪声动态实际上太快了。有没有办法减慢噪音并产生更宽的噪音峰值而不是这些尖峰。我添加一个实际测量来向您展示我的意思：

如果这个问题太具体了，我很抱歉，并将删除该帖子。

最良好的祝愿，非常感谢！

【问题讨论】：

标签： r simulation noise

【解决方案1】：

请提出您的问题和示例reproducible，以便其他人可以提供帮助。话虽如此，看起来基线只是一个随机的法线——可能是用x <- rnorm(500) 之类的东西创建的。减少这种跳跃的一种方法是计算移动平均线。您可以使用 TTR 或 zoo 之类的包来执行此操作，或者您可以创建自己的函数。例如：

x <- rnorm(500)
plot(x, type = "l")

ma <- function(x, n = 5){ filter(x, rep(1/n, n), sides = 2) }
plot(ma(x), type = "l")

plot(ma(x, 10), type = "l")

【讨论】：

谢谢你，Jason - 结果看起来不错；但是，出于我的目的，我必须为大小为 159,957 的 x 选择一个相当高的 n 值（约 1500）。我选择的 n 越高，数据中的 NA 区域就越大。首先，我认为 n 应该只是 x 的倍数，但在绘制数据时仍然有相当多的未识别 Y 值。有没有办法克服这个问题？
好吧，只是剪掉了 NA 部分 - 感谢所有 :)

【解决方案2】：

我现在明白你的意思了。对于这种情况，我有两个建议，也许它们会有所帮助：

尝试只在基线的一个子集上添加噪音（以下是 10%）

baseline.index = which(App[,2] == min(App[,2]))
baseline.index.subset = sample(x = baseline.index, size = 0.1 * length ( baseline.index) , replace = F)
noise = rnorm( length (baseline.index.subset))
App[ baseline.index.subset,2] = App[ baseline.index.subset,2] + noise

并尝试使用噪声的均值和标准差。即：

noise = rnorm( length (baseline.index.subset), mean = 0, sd = 0.1)

如果这有帮助，请告诉我们

【讨论】：