使用 os.system() 或 subprocess() 通过 Python 运行 Rscript答案

【问题标题】：Running Rscript via Python using os.system() or subprocess()使用 os.system() 或 subprocess() 通过 Python 运行 Rscript
【发布时间】：2015-04-15 09:22:10
【问题描述】：

我在使用 os.system() 或 subprocess() 通过 Python 运行 Rscript 时遇到问题。

使用 os.system() 通过 python 运行命令对我来说通常很好（例如使用 gdalwarp.exe），但不适用于 Rscript.exe。

我能看到的唯一区别是路径中的空格。

通过将路径放在引号中，可以在 CMD 窗口中轻松克服路径中的空格问题。执行如下命令成功。

"C:/Program Files/R/R-3.0.2/bin/Rscript.exe" "D:/.../otsu_Script.R"

但我被 Python 困住了。到目前为止我用 python 尝试了什么：

os.system("C:/Program Files/R/R-3.0.2/bin/Rscript.exe" "D:/.../otsu_Script.R")
os.system(r"C:/Program Files/R/R-3.0.2/bin/Rscript.exe" "D:/.../otsu_Script.R")
os.system(r'"C:/Program Files/R/R-3.0.2/bin/Rscript.exe" "D:/.../otsu_Script.R"')
subprocess.call([r'C:/Program Files/R/R-3.0.2/bin/Rscript.exe', r'D:/.../otsu_Script.R'])

有人看到我做错了吗？提前致谢，艾克

【问题讨论】：

调用外部程序的正确方法是使用subprocess。那么这个解决方案有什么问题呢？
子进程命令应该可以工作。 system 使用 cmd /c commandline，因此将整个命令行用引号括起来，例如os.system('""C:/Program Files/R/R-3.0.2/bin/Rscript.exe" "D:/.../otsu_Script.R""')。正斜杠在这里起作用，因为参数被引用（即正斜杠不会被解释为开关），所以不需要r"raw string"。
抱歉，os.system('""C:/....script.R""') 和 subprocess.call([r'C:/....script.R') 都无法正常工作。

标签： python windows command-line rscript

【解决方案1】：

现在可能为时已晚，我已经看到您解决了这个问题，但是我遇到了类似的问题（尽管在 Linux 系统中），现在它可能对其他人有所帮助；尽管它直接在终端/命令行上运行，但在 python 中调用此命令时不起作用。

os.system("R CMD BATCH ./read_lengths_batch.R")

我尝试了许多解决方案，包括subprocess 和其他解决方案，但发现它比这更容易。就我而言，我知道它在 Windows 中可能会有所不同，我只需要在调用结束时添加一个 & 即可使其在后台运行。不知何故，R 似乎会因为 Python 脚本而关闭，而不是执行它的工作。

os.system("R CMD BATCH ./read_lengths_batch.R &")

奇怪的是，如果在我的文件夹中复制相同的文件并带有 .txt 扩展名：read_lengths_batch.R 和 read_lengths_batch.txt，它也可以工作。

希望它对某人有所帮助！

【讨论】：

【解决方案2】：

在对这样一个简单的问题进行了思考之后。我决定将 RStatistics 重新安装到没有空格或点的路径，例如： C:/R/bin/Rscript.exe。

现在 subprocess.call(["C:/R/bin/Rscript.exe", "D:/otsu_Script.R"] ) 或 os.system("C:/R/bin/Rscript.exe D:/otsu_Script.R") 工作正常。两天前应该试过了……

...但现在我还是一只快乐的猴子:-)

【讨论】：