【问题标题】：rpy2 automatic NumPy conversion NA/NaN/Inf in foreign function callrpy2 自动 NumPy 转换 NA/NaN/Inf 在外部函数调用
【发布时间】：2018-01-17 18:22:51
【问题描述】：

当尝试使用简单数据从 python 调用 BayesTree R 包时，即使所有数据都是正实数，我也会收到错误“NA/NaN/Inf in foreign function call”。

源代码

import numpy as np
# R interface for python
import rpy2
# For importing R packages
from rpy2.robjects.packages import importr
# Activate conversion from numpy to R
import rpy2.robjects.numpy2ri
rpy2.robjects.numpy2ri.activate()

train_x_py = np.array([[0.0, 0.0],
                       [0.0, 1.0],
                       [1.0, 1.0]])

# Any 3-length float vector fails for training y
train_y_py = np.array([1.0,2.0,3.0])

test_x_py  = np.array([[0.2, 0.0],
                       [0.2, 0.2],
                       [1.0, 0.2]])

# Create R versions of the training and testing data
train_x = rpy2.robjects.r.matrix(train_x_py, nrow=3, ncol=2)
train_y = rpy2.robjects.vectors.FloatVector(train_y_py)
test_x = rpy2.robjects.r.matrix(test_x_py, nrow=3, ncol=2)

print(train_x)
print(train_y)
print(test_x)

BayesTree = importr('BayesTree')
response = BayesTree.bart(train_x, train_y, test_x,
                          verbose=False, ntree=100)

# The 7th return value is the estimated response
response = response[7]

print(response)

代码输出/错误

     [,1] [,2]
[1,]    0    0
[2,]    0    1
[3,]    1    1

[1] 1 2 3

     [,1] [,2]
[1,]  0.2  0.0
[2,]  0.2  0.2
[3,]  1.0  0.2

Traceback (most recent call last):
  File "broken_rpy2.py", line 32, in <module>
    verbose=False, ntree=100)
  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/lib/python3.6/site-packages/rpy2/robjects/functions.py", line 178, in __call__
    return super(SignatureTranslatedFunction, self).__call__(*args, **kwargs)
  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/lib/python3.6/site-packages/rpy2/robjects/functions.py", line 106, in __call__
    res = super(Function, self).__call__(*new_args, **new_kwargs)
rpy2.rinterface.RRuntimeError: Error in (function (x.train, y.train, x.test = matrix(0, 0, 0), sigest = NA,  : 
  NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 7)

它所指的第 32 行的错误是：

response = BayesTree.bart(train_x, train_y, test_x,
                          verbose=False, ntree=100)

系统设置

操作系统： Mac OS X Sierra 10.12.6

Python 版本： Python 3.6.1

R 版本： R 3.4.1

Python 包： 点 9.0.1, rpy2 2.8.6, numpy 1.13.0

问题

这是我自己的用户错误，还是 rpy2 中的错误？

【问题讨论】：

更正，我已经在没有使用 numpy 的情况下测试了这个问题。只要 R 矩阵产生相同的代码输出，就会发生错误。
在一分钟内编辑标题，我在 R 中重现了完全相同的问题。这发生在 BayesTree 包中。 Python / Numpy / rpy2 方面没有修复。
与其更改标题，不如自己发布一个答案（或您认为的解决方案）并接受它。 :)
谢谢，解决这个问题！

标签： python-3.x numpy rpy2

【解决方案1】：

这是 R 包“BayesTree”中的一个问题。您可以使用以下代码直接在 R 中重现该问题（假设您已安装 BayesTree 包）。

train_x = matrix(c(0,0,1,0,1,1),nrow=3,ncol=2)
train_y = as.vector(c(1,2,3))
test_x = matrix(c(.2,.2,1.,.0,.2,.2),nrow=3,ncol=2)
result = bart(train_x,train_y,test_x,verbose=FALSE,ntree=100)

【讨论】：