在带有 rpy2 的 jupyter 笔记本中找不到 ggplot 函数答案

【问题标题】：ggplot function not found in jupyter notebook with rpy2在带有 rpy2 的 jupyter 笔记本中找不到 ggplot 函数
【发布时间】：2018-11-13 06:07:01
【问题描述】：

我正在研究计算机集群并测试如何在其上使用 Jupyter 笔记本。我在尝试使用 ggplot2 时遇到了这个问题。我已经尝试在笔记本中安装包，在命令行中使用 R，并使用 conda install，并且 r-ggplot2（版本 2.2.1）显示在 conda 包中。有什么想法吗？

【问题讨论】：

我在上传的图片中看不到错误。问题出在哪里？
刚刚更新了错误的图像。找不到ggplot函数
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标签： r ggplot2 jupyter-notebook cluster-computing rpy2

【解决方案1】：

从您的屏幕截图来看，您正在运行一个基于 python 的笔记本。看起来好像您正在尝试将ggplot 用作python 包rpy2 的一部分。

基于this source，ggplot 存在于rpy2.robjects.lib.ggplot2，因此您可能想尝试类似的方法

from rpy2.robjects.lib.ggplot2 import ggplot

...
ggplot(data=df)

【讨论】：

我收到了这个错误：~/.conda/envs/general/lib/python3.6/site-packages/rpy2/robjects/lib/ggplot2.py in () 53 NULL = robjects.NULL 54 ---> 55 ggplot2 = importr('ggplot2', on_conflict="warn") 56 ggplot2 = WeakPackage(ggplot2._env, 57 ggplot2.__rname__,
~/.conda/envs/general/lib/python3.6/site-packages/rpy2/robjects/packages.py in importr(name, lib_loc, robject_translations, signature_translation, suppress_messages, on_conflict, symbol_r2python , symbol_check_after, data) 451 if _package_has_namespace(rname, 452 _system_file(package = rname)): --> 453 env = _get_namespace(rname) 454 version = _get_namespace_version(rname)[0] 455 exports_names = set(_get_namespace_exports(rname)) RRuntimeError：loadNamespace（名称）中的错误：没有名为“ggplot2”的包
我真的不是 rpy2 方面的专家。在 Jupyter 笔记本中，您可以使用检查来查找存在哪些包/模块/功能。最简单的方法：在单元格中输入import rpy2.，然后点击TAB。它应该向您展示所有可能的子模块。继续并尝试弄清楚发生了什么。你确定 rpy2 安装正确吗？
是的，已安装 rpy2。折腾了一下，发现需要用conda安装r-ggplot2，终于成功了。感谢您的帮助
正确。您只需在 jupyter 环境中执行 conda install r-ggplot2 即可完成此操作。另一件事是从菜单 Kernel --> Restart and Clear Output 重新启动笔记本的内核，以便您的会话知道更新。只需使用您的 %R require(ggplot2) 并且不要担心 rpy2 库加载，除非您实际上是在使用 python 进行绘图，而上面的问题示例中并非如此。