rpy2 将 .RData 文件中的多个 DataFrames 加载到 pandas

Question

我在系统中有一个.RData 文件，其中包含三个对象 - 全部为 R-DataFrames。我想将它们作为 pandas DataFrames 加载到 python 中。我得到的问题是，对象不是通过rpy 加载的，只有它们的名称：

from rpy2.robjects import r
from rpy2.robjects import pandas2ri
import pandas as pd
file="./normalization.RData"
rf = r.load(file)
rf

<StrVector - Python:0x7fdf1a28cb08 / R:0x4ce82c8>
['df1', 'df2', 'df3']

f1[2]

'annodf'
In [11]:

要么只加载名称，要么我不明白如何从 RData 访问/转换 DF。

有人能解决这个问题吗？

Answer 1

好的 - 我刚刚意识到对象并没有真正加载到 rf 变量中，而是加载到代表 R 环境的 rpy2.rojbects.r 中......这很棘手！

因此以下工作：

import pandas as pd
from rpy2.robjects import r
import rpy2.robjects.pandas2ri as pandas2ri


#load into the env
file="./normalization.RData"
rf=r['load'](file)
rf

<StrVector - Python:0x7fdf1a28cb08 / R:0x4ce82c8>
['df1', 'df2', 'df3']

#acces file in env and convert
df2=pandas2ri.ri2py_dataframe(r['df2'])
type(df2)

pandas.core.frame.DataFrame