使用 rpy2 从 Python 调用 R 库 DirichletReg答案

【问题标题】：Call R library DirichletReg from Python using rpy2使用 rpy2 从 Python 调用 R 库 DirichletReg
【发布时间】：2017-07-24 19:37:41
【问题描述】：

我正在尝试使用 Python 进行 Dirichlet 回归。不幸的是，我找不到可以完成这项工作的 Python 包。所以我尝试使用rpy2 调用R 库DirichletReg。但是，对我来说如何调用回归函数（例如DirichReg(Y ~ X1 + X2 + X3, data=predictorData) where Y = DR_data(compositionalData)）并不是很直观。我在rpy2的文档中看到了一个调用线性回归函数lm的例子。但我的情况略有不同，因为 Y 不是表中的列名，而是 R 对象 DR_data。

我想知道执行此操作的正确方法是什么，或者是否有用于 Dirichlet 回归的 Python 包。

【问题讨论】：

标签： python r rpy2 dirichlet

【解决方案1】：

您可以从 python 将对象发送到“公式”环境。此示例来自 rpy2 文档：

import array
from rpy2.robjects import IntVector, Formula
from rpy2.robjects.packages import importr
stats = importr('stats')

x = IntVector(range(1, 11))
y = x.ro + stats.rnorm(10, sd=0.2)

fmla = Formula('y ~ x')
env = fmla.environment
env['x'] = x
env['y'] = y

fit = stats.lm(fmla)

您还可以在 R 环境中（在公式之外）创建命名变量。见here。最坏的情况是，您通过 rpy2 将一些 python 数据移动到 R 中，然后通过 rpy2 桥直接在 R 中发出命令，如here 所述。

【讨论】：