在 python 中使用 rpy2 读取 csv 文件时出错答案

【问题标题】：Error reading csv file using rpy2 in python在 python 中使用 rpy2 读取 csv 文件时出错
【发布时间】：2015-10-18 02:35:12
【问题描述】：

我似乎无法运行以下代码并得到错误：

rpy2.rinterface.RRuntimeError: Error in paste(r.base_dir, r.inp_file, ".csv", sep = "") : 
  object 'r.base_dir' not found

即使我将 r.base_dir 替换为 base_dir，我也会遇到相同的错误。该代码本质上是使用 rpy2 读取 csv 文件

from rpy2.robjects.packages import importr
from rpy2.robjects import r
import rpy2.robjects.numpy2ri as rpyn

r.base_dir = '/Users/r/Documents/Projects/GLM/Visualize/'
r.inp_file = 'Cns'
r.out_file = 'Main.png'
r.inp_mat  = r("read.table(paste(r.base_dir,r.inp_file,'.csv',sep=''), header=T, row.names=1, sep=',')")

【问题讨论】：

标签： python rpy2

【解决方案1】：

Python 符号在 R 命名空间中不会神奇地可见。

同时，您可以考虑使用 Python 参数调用 R 函数。例如这里：

from rpy2.robjects.packages import importr
from rpy2.robjects import r
import rpy2.robjects.numpy2ri as rpyn
import os

utils = importr('utils')
base_dir = '/Users/r/Documents/Projects/GLM/Visualize/'
inp_file = 'Cns'
out_file = 'Main.png'
inp_mat  = utils.read_csv(os.path.join(r.base_dir,
                                       r.inp_file +'.csv'),
                          header=True,
                          row_names=1,
                          sep=',')

【讨论】：