RPY2 导入包时分别绘制 Matplotlib 错误帧答案

【问题标题】：Matplotlib error frames plotted separately when RPY2 imports packageRPY2 导入包时分别绘制 Matplotlib 错误帧
【发布时间】：2017-03-15 17:17:21
【问题描述】：

在我的计算机（Windows 10、Python 2.7 x86）上安装 RPY2（v. 2.7.8）和随附的依赖项后，Matplotlib（v. 1.5.3）似乎已损坏。即使是最简单的绘图，框架和窗口也是分开描绘的：

series1  = pd.Series(np.arange(500))
series2 = series1*-1
plt.plot(series1,series2)
# OUT: [<matplotlib.lines.Line2D object at 0x185F4A50>]
plt.show()

以下导入会出错。

# general
import os
from os import path # necessary for check file-overwrite
import calendar
import datetime
import csv
import numpy as np
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt
import imp

# cvxEDA
from scipy import signal
citi = imp.load_source('cvxeda', 'D:\\Python27\\Lib\\cvxEDA\\src\\cvxEDA.py')

#RPY and RHRV
import rpy2
import rpy2.robjects as robjects
import rpy2.robjects.packages as rpackages
from rpy2.robjects.packages import importr# This step is importing the R package in the embedded R,
# and is exposing all R objects in that package as Python objects
# import R's "base" package
base = importr('base')
# import R's "utils" package
utils = importr('utils')
# select a mirror for R packages
utils.chooseCRANmirror(ind=1) # select the first mirror in the list
rhrv = importr('RHRV')

更新：
我已将问题追溯到以下导入rhrv = importr('RHRV')。 RHRV 是 R 的心率分析包，它包括自己的绘图功能（用于 R）。这可能是一个令人不安的问题。

以前有人遇到过这个问题吗？出了什么问题，我该如何解决？

【问题讨论】：

如果您能提供一些“假”数据，我们可以尝试重现问题，这将很有帮助。
@Koga 是的。在过去的几周里，这种情况已经发生了好几次。它似乎与数据类型无关。我会在帖子中添加一些数据。
你在正常运行脚本python script.py时会遇到同样的问题吗？ Shell 可能会使用一些功能（让生活更轻松），这会产生问题。
我重新排列了整个问题。显然，当一些进口消失时，问题并没有继续存在。我现在正在尝试通过反复试验来确定问题。
@RobinKramer - rpy2 本身并没有触及 matplotlib 命名空间，但可能发生的情况是 R 包 RHRV 正在导入与 matplotlib 中的 C 级代码冲突的 C 库。跨度>

标签： python python-2.7 matplotlib rpy2

【解决方案1】：

我已就该问题联系了 R-package RHRV 的开发人员。他们告诉我

RHRV 使用 tkrplot 库，该库使用 Tk 小部件。也许这会干扰您的 python 模块。

虽然我无法发现 matplotlib 确实使用了 Tk 小部件，但我确实发现 matplotlib 可以与 Tk 结合使用（例如http://matplotlib.org/examples/user_interfaces/embedding_in_tk）。这可能是绘图问题的原因。

我能想到的唯一解决方案是在导入 RHRV 时不进行绘图。首先计算并保存数据。然后，在另一个脚本中，您可以制作绘图。或者，有专门用于 Python 的 HRV 分析包 (gHRV or hrv)。但是，我无法让 gHRV 工作，并且 hrv 包到目前为止还不完整。

【讨论】：