从 Python rpy2 调用带有命令行参数的 R 脚本

Question

我希望能够使用 rpy2 模块从 python 调用 R 文件。 我希望能够将参数传递给可以由 R 的 commandArgs 函数解释的这些脚本。

所以如果我的 R 脚本 (trivial_script.r) 看起来像：

print(commandArgs(TRUE))

我的 Python 2.7 脚本如下所示：

>>> import rpy2.robjects as robjects
>>> script = robjects.r.source('trivial_script.r')

如何从 rpy2.robjects 调用它，参数为“arg1”、“arg2”、“arg3”？

Answer 1

我将这两种方法（RPy 与命令行脚本）视为两个独立的部分。如果您使用 RPy，则无需传递命令行参数。您只需创建一个包含您要在 R 中运行的功能的函数，然后使用 arg1、arg2、arg3 从 Python 调用该函数。

如果您想在 Python 中使用 R 命令行脚本，请查看 Python 中的 subprocess library。在那里，您可以使用以下命令从命令行调用 R 脚本：

import subprocess
subprocess.call(['Rscript', 'script.R', arg1, arg2, arg3])

其中arg1、arg2、arg3 是包含您要传递给 R 脚本的信息的 Python 对象（例如字符串）。