如何在 python 的 rpy2 中从 R 数据框中选择列？答案

【问题标题】：how to select columns from R dataframe in rpy2 in python?如何在 python 的 rpy2 中从 R 数据框中选择列？
【发布时间】：2015-10-08 10:52:31
【问题描述】：

我在 python 的 rpy2 中有一个数据框，我想从中提取列。这个 R 代码的 rpy2 等价物是什么？

df[,c("colA", "colC")]

这可以获取第一列：

mydf.rx(1)

但是我怎样才能拉出一组列，例如第一、第三、第五？

mydf.rx([1,3,5])

不起作用。也没有：

mydf.rx(rpy2.robjects.r.c([1,3,5]))

【问题讨论】：

标签： python r dataframe rpy2

【解决方案1】：

我发现最好的方法是做这个简单的事情：

from rpy2.robjects.packages import importr
from rpy2.robjects import pandas2ri
import rpy2.robjects as robjects

dataframe = robjects.r('data.frame')
df_rpy2 = dataframe([1,2,],[5,6])
df_pd = pd.DataFrame({'A': [1,2], 'B': [5,6]})

base = importr('base') #Creates an instance of R's base package 
pandas2ri.activate() #Converts any pandas dataframe to R equivalent

base.colnames(df_pd) #Finds the column names of the dataframe df_pd 
base.colnames(df_rpy2) #Finds the column names of the dataframe df_rpy2

输出是：

R object with classes: ('character',) mapped to:
<StrVector - Python:0x7fa3504d3048 / R:0x10f65ac0>
['X1L', 'X2L', 'X5L', 'X6L']

R object with classes: ('character',) mapped to:
<StrVector - Python:0x7fa352493548 / R:0x103b6e40>
['A', 'B']

这适用于使用 pandas 和 rpy2 创建的数据框。希望这会有所帮助！

【讨论】：

【解决方案2】：

或者，您可以将 R 数据框传递给 Python pandas 数据框，并将生成的 1、3、5 列作为子集：

#!/usr/bin/python
import rpy2
import rpy2.robjects as ro
import pandas as pd
import pandas.rpy.common as com

# SOURCE R SCRIPT INSIDE PYTHON 
ro.r.source('C:\\Path\To\R script.R') 

# DEFINE PYTHON DF AS R DF
pydf = com.load_data('rdf')
cols = pydf[[1,3,5]]

【讨论】：

【解决方案3】：

我认为答案是：

# cols to select
c = rpy2.robjects.IntVector((1,3))
# selection from df
mydf.rx(True, c)

【讨论】：