将 rpy2 与 IPython 笔记本一起使用？答案

【问题标题】：using rpy2 with IPython notebooks?将 rpy2 与 IPython 笔记本一起使用？
【发布时间】：2013-02-10 05:38:02
【问题描述】：

是否可以将 rpy2（调用 ggplot2）与 IPython 笔记本一起使用，然后保存它们（并像其他笔记本一样在 NBViewer 上共享 http://nbviewer.ipython.org/）？让 rpy2 ggplots 出现在笔记本中和/或以交互方式出现有什么挑战吗？如果有人可以提供一个示例会话及其在 IPython 中使用 rpy2 在笔记本中制作 ggplot2 图形的输出，将会很有帮助。

【问题讨论】：

标签： python ggplot2 ipython rpy2

【解决方案1】：

使用 rpy2 的 rmagic 扩展是可能的。不过，您似乎需要print() 来显示它。这是一个示例会话：http://nbviewer.ipython.org/5029692

如果你更喜欢直接使用rpy2，那一定是可以的。看看rpy2 documentation for ggplot2。要将其放入笔记本中，您可以绘制到 PNG/SVG 设备，然后从 Python 端读取它（这就是 rmagic 所做的）。

【讨论】：

我不想使用 rmagic 我想直接使用 rpy2，但是在您从文档链接到的页面上，我没有看到带有 rpy2 的笔记本示例...不知道如何绘制到设备然后再读回它？不是自动化的吗？
rmagic 使用 png 设备自动读取输出。如果你更喜欢直接使用 rpy2，你必须自己做。你可以看看the source code for rmagic。
这听起来像是一个重大的失败......不值得，但这意味着 ipython 笔记本对于使用 ggplot/rpy2 而不是 matplotlib 的人基本上没有用
这不是一项特别复杂的工作——可能需要不到 10 行额外的代码。同样，它已经作为 rmagic 的一部分编写，它只是 rpy2 的包装器。

【解决方案2】：

这是在没有查看 rmagic 代码的情况下编写的。他们有更聪明的方法（我有 11 行代码）。

import uuid
from rpy2.robjects.packages import importr 
from IPython.core.display import Image

grdevices = importr('grDevices')
def ggplot_notebook(gg, width = 800, height = 600):
    fn = '{uuid}.png'.format(uuid = uuid.uuid4())
    grdevices.png(fn, width = width, height = height)
    gg.plot()
    grdevices.dev_off()
    return Image(filename=fn)

尝试一下：

from rpy2.robjects.lib import ggplot2
from rpy2.robjects import Formula
datasets = importr('datasets')
mtcars = datasets.__rdata__.fetch('mtcars')['mtcars']
p = ggplot2.ggplot(mtcars) + \
    ggplot2.aes_string(x='mpg', y='cyl') + \
    ggplot2.geom_point() + \
    ggplot2.geom_smooth() + \
    ggplot2.facet_wrap(Formula('~ am'))

ggplot_notebook(p, height=300)

【讨论】：

这段代码是我第一次能够从 rpy2 加载和使用数据集。此页面的数据集不起作用：rpy.sourceforge.net/rpy2/doc-2.2/html/…
@zach：R 改变了它在内部处理数据集的方式，并且 rpy2 适应了这些变化（尽管直接结果不是最友好的界面）。我不能排除文档中有一些地方没有更新，但这里的问题可能是您正在查看 rpy2-2.2.x 的文档，而可能正在使用 rpy2-2.3.x。在任何情况下，看到已修复问题的最佳机会是报告问题（电子邮件、项目页面等...）。
谢谢。有时甚至很难知道问题出在哪里......但我会更好地报告。感谢您的出色工作。