如何在 Jupyter (IPython, rpy2) 中获取交互式 R 输出，例如进度条？

Question

我正在尝试在 Jupyter 中使用内置的 R 进度条 (txtProgressBar) 和 %%R 魔法。虽然它在 R 控制台或 RStudio 中执行时确实会产生漂亮的动画，但它不会在带有 rpy2 扩展名的 Jupyter（笔记本或实验室）中产生所需的输出，而是在完成后立即打印所有步骤（这使得进度吧没用）。两个问题：

• 我怎样才能让它工作？
• 如果还不可能，我该如何在 rpy2 端实现此功能（我已经知道如何在 Jupyter/IPython 端创建交互式输出/小部件）？

这是来自rfunction.com的进度条的简单sn-p：

%%R
SEQ  <- seq(1,100)
pb   <- txtProgressBar(1, 100, style=3)
TIME <- Sys.time()
for(i in SEQ){
  Sys.sleep(0.02)
  setTxtProgressBar(pb, i)
}

对于刚接触rpy2 的人：需要使用pip install rpy2 进行安装，并且需要使用%load_ext rpy2.ipython 在Jupyter 中加载魔法。

编辑：我现在使用的解决方法是通过robjects.r手动调用代码：

from rpy2.robjects import r
r("""
SEQ  <- seq(1,100)
pb   <- txtProgressBar(1, 100, style=3)
TIME <- Sys.time()
for(i in SEQ){
  Sys.sleep(0.02)
  setTxtProgressBar(pb, i)
}
""")

但这并不理想 - 我更愿意保留 rpy2 的 Rmagic 的所有优点。

Answer 1

应该有一种方法可以实现这一点，因为 R 魔法正在调用 robjects.r()（就像您在解决方法中一样）。

简而言之，当您提交 %%R jupyter 单元进行评估时，会发生以下情况。

1. 评估 %%R 行上的参数，并在评估 R 代码之前完成最终设置（例如，使用本地转换器、转换输入参数等...）
2. %%R 单元格其余部分中的 R 代码在 R“全球环境”中作为代码字符串进行评估
3. 运行退出设置并返回结果

第二步本质上是对 R C API 的调用，GIL 使该过程发生的唯一活动。但是，rpy2 正在定义默认回调，将 R 的打印重新路由到终端/控制台到 Python 自己的 print()，这就是为什么您在调用 robjects.r() 时看到打印的原因。

我看到R magic is caching the R output，虽然有一个属性cache_display_data 应该控制它，但它没有被使用。这是错误，因为您在 * 上询问，并且因为 R 代码块打印很多会使用比需要更多的内存（甚至耗尽所有 RAM）。我不知道它是一直存在还是在代码重构期间引入的；现在在这里跟踪它：https://bitbucket.org/rpy2/rpy2/issues/543

编辑：该修复程序现在位于存储库中，并将成为 rpy2-3.0.3（可能今天发布）的一部分。