import rpy2.robjects 给出“内存耗尽”

Question

直到最近，我一直在使用 rpy2 将 R 包加载到运行 Python 内核的 Jupyter 笔记本中，并使用它从 sqlserver 数据库中读取一些数据。几天前，我开始看到这个错误：

import rpy2.robjects as ro
R[write to console]: Error: cons memory exhausted (limit reached?)

出现此错误后，Python 内核崩溃并由 Jupyter 重新启动。我想了解这个错误，它是什么原因造成的，以及为什么在之前运行相同的代码没有错误时会出现它。

这个答案，在 r-devel 上，表明它是由超过最大对象数产生的 R 错误：

[Rd] How to debug: Cons memory exhausted

除此之外，关于此错误的可用信息似乎很少。

错误发生在我的代码的第一行。这一点，以及代码之前运行的事实，让我觉得有些东西正在从以前的会话中缓存。我可以在 R 中导入数据（使用 RStudio），所以我认为这是特定于 Jupyter/rpy2 而不是一般的 R 问题。但它并不特定于这个特定的笔记本——如果我在另一个笔记本上运行上述import，在不同的内核上，我会得到同样的错误。所以我的问题是：

1. 过量的 R 对象是导致此错误的唯一原因，还是其他原因？
2. 这可能是缓存问题还是我走错了路？
3. 这些对象可能缓存在哪里？ （我怎样才能安全地清除它们？）

我在远程 Amazon 工作区的 Windows 10 上的 conda venv 中使用 jupyterlab。我没有管理员权限。以下是一些版本：

import session_info
session_info.show()
-----
rpy2                3.4.4
session_info        1.0.0
-----
Click to view modules imported as dependencies
-----
IPython             7.16.1
jupyter_client      6.1.6
jupyter_core        4.6.3
jupyterlab          2.1.5
notebook            6.0.3
-----
Python 3.7.7 (default, May  6 2020, 11:45:54) [MSC v.1916 64 bit (AMD64)]
Windows-10-10.0.14393-SP0
-----

搜索 SO 揭示了导入 robjects 可能失败的多种方式，但我只能找到一个关于此特定错误的方法（没有给出答案）：

RPY2 3.3.5 Errors on import

切线，似乎这个问题可能是密切相关的：

Is it safe to manually delete all files in pkgs folder in anaconda python?

是否建议定期清除$HOME\AppData\Local\conda\conda\pkgs\cache？ （更新：此缓存文件夹中有一些相当大的文件，但清除它们并没有解决问题）。

更新：我在 Spyder 中看到同样的错误，在 venv 之外运行，所以这不是特定于 jupyter。

更新：我可以导入 rpy2。一个简单的import rpy2 不会产生错误。

更新：

import rpy2.situation as rps
for row in rps.iter_info():
    print(row)

给予：

    rpy2 version:
    3.4.4
    Python version:
    3.7.7 (default, May  6 2020, 11:45:54) [MSC v.1916 64 bit (AMD64)]
    Looking for R's HOME:
        Environment variable R_HOME: None
        InstallPath in the registry: C:\Program Files\R\R-3.6.1
        Environment variable R_USER: None
        Environment variable R_LIBS_USER: None
    R version:
        In the PATH: 
        Loading R library from rpy2: OK
    Additional directories to load R packages from:
    None
    C extension compilation:
        Warning: Unable to get R compilation flags.

rpy2 中没有设置环境变量。这是否意味着 R_NSIZE 未设置，这会导致错误吗？

Answer 1

我已通过添加系统环境变量来解决此问题：R_HOME、R_USER 和 Path。 [windows10，R 4.1.0，rpy2 3.4.5，python 3.8]