通过 rpy2 在 Python 中运行测试的问题

Question

鉴于我两周前开始编码，我觉得这将是一个快速的解决方案。我正在尝试运行一个统计测试——一个 Mantel，寻找两个距离矩阵之间的相关性——在 Python 中，通过 Rpy2 使用已经用 R 编写的函数（？）。 R 模块是“ade4”，它包含“mantel.rtest”

from rpy2 import robjects

import rpy2.robjects as robjects

robjects.r('library(ade4)')
**EDIT** rmantel = robjects.r("mantel.rtest")

for i in windownA:

    M1 = asmatrix(identityA[i]).reshape(14,14)

    for j in windownB:

        M2 = asmatrix(identityB[j]).reshape(14,14)

       **EDIT** result = rmantel (M1, M2, nrepet = 9999)
        print result
        print ' '

编辑：这现在有效！ “这会返回错误：“AttributeError: 'R' object has no attribute 'mantel'” 这让我相信这里调用的对象在“.”处被截断（即“mantel”与完整的“mantel.rtest”）。我尝试将“mantel.rtest”重新分配为没有“.”的对象，例如） rmantel = "mantel.rtest" 并代之以 结果 = robjects.r.rmantel (M1, M2, nrepet = 9999) 只收到错误："AttributeError: 'R' object has no attribute 'rmantel'" - 所以这不起作用。关于如何解决这个问题有什么想法吗？”

新问题：Mantel 测试需要“dist”格式的数据，所以当我运行编辑后的代码时，我收到以下错误 "RRuntimeError:函数错误（m1，m2，nrepet = 99）： 预期为“dist”类的对象”

所以我尝试将文件转换为该格式，当我打印结果时，它是正确大小的矩阵的下半部分，但所有字段都填充了“NA”

robjects.r('library(ade4)')
rmantel = robjects.r("mantel.rtest")

distify = robjects.r("dist")

for i in windownA:

    M1 = asmatrix(identityA[i]).reshape(14,14)
    print distify(M1)
    MOne = distify(M1, 14)

    for j in windownB:

        M2 = asmatrix(identityB[j]).reshape(14,14)
        print distify(M2)
        MTwo = distify(M2, 14)

        result = rmantel(M1, M2, nrepet = 9999)
        print result
        print ' '

我明白了

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13

2 不适用

3 无 NA

4 无 NA NA

5 无 NA NA NA

6 无 NA NA NA NA

7 无 NA NA NA NA NA

8 NA NA NA NA NA NA NA

9 无 NA NA NA NA NA NA NA

10 NA NA NA NA NA NA NA NA NA

11 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA

12 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA

13 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA

14 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA

Answer 1

试试robjects.r['mantel.rtest']:

In [1]: %cpaste
Pasting code; enter '--' alone on the line to stop.
:from rpy2 import robjects
import rpy2.robjects as robjects
robjects.r('library(ade4)')
::::::--

In [3]: robjects.r['mantel.rtest']
Out[5]: <RFunction - Python:0xa2aac0c / R:0xac9ec04>

这也有效：

In [8]: robjects.r('mantel.rtest')
Out[8]: <RFunction - Python:0xaf7042c / R:0xac9ec04>

编辑（新期）： 既然你说mantel.rtest 需要dist 格式的数据，我想M1 和M2 应该是dist 格式。但是M1 和M2 似乎是numpy 数组。另一方面，MOne 和 MTwo 看起来可能是 dist 格式。

所以不妨试试

result = rmantel(MOne, MTwo, nrepet = 9999)

Answer 2

从 rpy2-2.1.x 开始，推荐的简单方法是：

from rpy2.robjects.packages import importr
stats = importr('stats')
ade4 = importr('ade4')

result = ade4.mantel_rtest(stats.dist(M1),
                           stats.dist(M2),
                           nrepet)