在 Mac osx 上通过带有 R 版本 4.0.2 的 anaconda 使用 Python 3.8 安装 rpy2 困难

Question

我以前从未在 python 中使用过 R 代码，但我想这样做是为了实现一些 Poisson 回归模型。原因是效率（泊松回归的 R 代码效率更高）。我试图通过在终端中输入以下内容来安装 rpy2：

conda install -c r rpy2

我也尝试过使用 pip install ，但没有成功。当我尝试在终端中运行它时，它会在终端本身中返回以下错误：

解决环境：来自 current_repodata.json 的 repodata 失败，将使用下一个 repodata 源重试。 收集包元数据（repodata.json）：完成 求解环境：初始冻结求解失败。使用灵活的求解重试。 求解环境：/ 发现冲突！寻找不兼容的软件包。 这可能需要几分钟。按 CTRL-C 中止。 失败

UnsatisfiableError: 发现以下规格 与您环境中现有的 python 安装不兼容：

规格：

• rpy2 -> python[version='2.7.|3.5.|3.6.|>=2.7,=3.5,= 3.6,=3.7,|3.3.*']

你的蟒蛇：python=3.8

如果 python 位于链的最左侧，那就是您要求的版本。 当python出现在右边时，这表明左边的东西不知何故 不适用于您受限的 python 版本。请注意，conda 不会 除非您明确指定，否则将您的 python 版本更改为不同的次要版本 那个。

使用 pip install 并运行一些引用 rpy2 模块的代码后，我收到以下错误：

import rpy2.robjects as robjects
import rpy2.robjects.packages as rpackages
from rpy2.robjects.vectors import StrVector


package_names = ('stats')

if all(rpackages.isinstalled(x) for x in package_names):
    have_package = True

else: 
    have_package = False

if not have_package: 
    utils = rpackages.importr('utils')
    utils.chooseCRANmirror(ind=1)
    
    packnames_to_install = [x for x in package_names if not rpackages.isinstalled(x)]
    
    if len(packnames_to_install) > 0: 
        utils.install_packages(StrVector(packnames_to_install))

OSError: 无法加载库 '/Users/name/opt/anaconda3/lib/R/lib/libR.dylib': dlopen(/Users/name/opt/anaconda3/lib/R/lib/libR.dylib, 2）：库未加载：@rpath/libreadline.6.2.dylib 引用自：/Users/name/opt/anaconda3/lib/R/lib/libR.dylib 原因：找不到图片

NameError: 名称“rpackages”未定义

有谁知道我如何在我的 python 3.8 中成功使用 rpy2？这似乎是 anaconda 的常见问题，但我无法在网上找到任何可行的解决方案。非常感谢您提供的任何帮助！

Answer 1

rpy2 在 conda 的默认频道中不可用。试试：

    conda install -c conda-forge rpy2

它使用 conda-forge 频道。

编辑：实际上，我发现最好的方法是：

1. 使用 miniconda 发行版。

2. 创建特定于项目的 conda 环境。

3. 激活这个环境。

4. 安装 conda 默认频道中可用的所有 conda 包。

5. 然后

    pip install rpy2
   

更多详情：https://www.anaconda.com/blog/using-pip-in-a-conda-environment