清除 rpy2 使用的内存

Question

如何清除通过 rpy 创建的对象（以及它们占用的内存）？

import rpy2.robjects as r
a = r.r('a = matrix(NA, 2000000, 50)')
del a    #if I do this, there is no change in the amount of memory used
r.r('rm(list=(ls(all=TRUE)))') # Same here, the objects disappear, but the memory is still used

不幸的是，在我的应用程序中，内存使用量会增加，直到没有足够然后它崩溃......来自rpy2 docs：

对象本身仍然可用， 并免受 R 的垃圾影响 收集直到 foo 被删除 蟒蛇

但即使这样做：

import rpy2.robjects as r
a = r.r('a = matrix(NA, 2000000, 50)')
r.r.rm('a')
del a
r.r.gc()

不释放已使用的内存...

编辑：rpy2 2.0、Win XP、R 2.12.0

Answer 1

有一个paragraph in the rpy docs 提示你在删除或覆盖大对象时可能需要经常运行 Python 垃圾收集器：

R 对象存在于 R 内存空间中，Python 不知道它们的大小，因此，当涉及到大对象时，Python 似乎并不总是足够频繁地进行垃圾收集。当大对象在循环中被覆盖时，这有时会导致内存使用量暂时增加，尽管达到系统的内存限制似乎会触发垃圾回收，但可能希望显式触发垃圾回收。

我能够通过在创建矩阵后立即运行gc.collect() 来强制 rpy2 释放该大矩阵，然后在删除它并运行 R 的内部 gc() 函数后再次运行。在睡眠循环中运行它——使用top 观察内存使用量的增加/减少。

在 Ubuntu 10.0.4 上的 Python 2.6 下运行，python-rpy 版本 2.0.8 链接到 R 版本 2.10.1。希望这可以帮助您取得一些进展：

import gc
import time

import rpy2.robjects as R

for i in range(5):
    print 'pass %d' % i
    R.r('a = matrix(NA, 1000000, 50)')
    gc.collect()
    R.r('rm(a)')
    R.r('gc()')
    gc.collect()

    print 'sleeping..'
    time.sleep(5)