【问题标题】:rjava dependent package installation Segmentation fault (core dumped)rjava依赖包安装分段错误(核心转储)
【发布时间】:2017-11-24 17:42:42
【问题描述】:

我正在尝试重新安装以前能够安装和使用的软件包。在我的计算机意外重新启动后,我正在构建自己的包,然后我开始在加载 rpgraph 包时遇到问题。所以我决定卸载它并重新安装它。当我这样做时,我收到以下错误:

library(devtools)

library(rJava)
install_github("Albluca/rpgraph")


Downloading GitHub repo Albluca/rpgraph@master
from URL https://api.github.com/repos/Albluca/rpgraph/zipball/master
Installing rpgraph
Running command /usr/lib/R/bin/R
Arguments:
CMD
INSTALL
/tmp/Rtmp5OrtLL/devtools505a703b3ccd/Albluca-rpgraph-de04f96
--library=/home/gonzalo/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4
--install-tests

installing source package ‘rpgraph’ ...
** R
** data
*** moving datasets to lazyload DB
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
Segmentation fault (core dumped)
ERROR: loading failed
removing ‘/home/gonzalo/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/rpgraph’
Installation failed: run(bin, args = real_cmdargs,         stdout_line_callback = real_callback(stdout), stderr_line_callback =     real_callback(stderr), stdout_callback = real_block_callback,     stderr_callback = real_block_callback, echo_cmd = echo, echo = show,     spinner = spinner, error_on_status = fail_on_status, timeout = timeout) :     System command error`

我尝试从零开始重新安装 JAva 和 cran,但不知何故,我的系统中仍有一些东西无法安装包。另外,由于错误信息不是很丰富,我不知道如何缩小问题所在。

感谢您提供的任何帮助。

【问题讨论】:

  • 我在这里只能建议使用 JDK、rJava 和 R 来完成所有工作。如果我使用这个:owsiak.org/?p=3671 并按照此处所述进行安装:github.com/Albluca/rpgraph 它可以按预期工作。
  • @gonzalipto,我在升级我的 Ubuntu 发行版后遇到了同样的问题。我以前有一个虚拟机快照商店,我设法重现了这个问题。你能告诉我你是否在Linux中运行它吗?如果是这样,您当前的内核版本是什么?
  • related question,这表明它可能与安装的Linux内核有关
  • @gonzalipto 我遇到了与 RWeka 库相同的问题。你找到解决办法了吗?

标签: r segmentation-fault packages rjava


【解决方案1】:

我在安装库 vanneulerwordnet 时遇到了同样的问题,并使用 Kenneth 提出的解决方案解决了这个问题。在我的情况下,选项-Xss2560k 足以解决:

export _JAVA_OPTIONS="-Xss2560k"

此外:无需从终端运行导出命令,可以使用以下命令直接从 R 会话中设置 java 选项:

options(java.parameters = "-Xss2560k")

【讨论】:

    【解决方案2】:

    这似乎是最近内核版本中的一个错误,其他涉及 Java 的 R 库以及其他软件也会出现同样的问题。

    参见https://lists.ubuntu.com/archives/ubuntu-devel-discuss/2017-June/017507.htmlhttps://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/linux/+bug/1698919

    这个解决方法对我有用:

    export _JAVA_OPTIONS="-Xss2560k -Xmx2g"
    

    【讨论】:

    • 我在安装以下库时遇到了同样的问题:vanneuler 和 wordnet(都依赖于 rjava)。我用建议的解决方案解决了,谢谢分享。
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