SNPRelate：如何在 PCA 图中为总体赋予特定颜色答案

【问题标题】：SNPRelate: how to give specific color to a population in PCA plotSNPRelate：如何在 PCA 图中为总体赋予特定颜色
【发布时间】：2015-05-18 06:21:33
【问题描述】：

我正在使用 SNPRelate 进行 PCA 分析。它对不同的人群使用默认颜色，但我想根据我的情况为它们着色。绘图命令如下：

绘图(tab$EV2, tab$EV1, col=as.integer(tab$pop),cex=1.2,pch=20, + xlab="特征向量 2", ylab="特征向量 1") 图例("topleft", legend=levels(tab$pop), cex=1,pch=20, col=1:nlevels(tab$pop))

输入文件的头部是这样的：

sample.id pop EV1 EV2 1 A1 POP_I -0.10172849 0.03619405 2 A2 POP_I -0.15951814 0.08234857 3 A3 POP_I -0.15632495 0.08180843 4 A4 POP_I -0.09679447 0.07981108 5 A5 POP_I 0.11362360 -0.03186038 6 A6 POP_I 0.05594095 -0.05498351

【问题讨论】：

标签： pca

【解决方案1】：

定义颜色列表：

col.list

plot(tab$EV2, tab$EV1, col=col.list[as.integer(tab$pop)], cex=1.2, pch=20, xlab="eigenvector 2", ylab="eigenvector 1" )

legend("topleft", legend=levels(tab$pop), cex=1,pch=20, col=1:nlevels(tab$pop))

【讨论】：