箱线图的R编程[关闭]答案

【问题标题】：R programming for boxplots [closed]箱线图的R编程[关闭]
【发布时间】：2012-08-07 07:04:03
【问题描述】：

如何制作结果 1、2 和 3 除以次要等位基因计数的箱线图？

> data

     mouse.id treatment   outcome1  outcome2  outcome3 snp1 snp2 snp3 snp4 snp5 snp6 snp7 snp8
1        186         2   2427.395   240.635   526.250    0    1    0    0    0    1    0    1
2        186         3   7922.080  3355.925  1786.400    0    1    0    0    0    1    0    1
3        187         1   6114.500  1048.615  1375.990    0    0    1    0    0    0    0    0
4        187         2   2176.345   187.980   631.030    0    0    1    0    0    0    0    0
5        187         3   8523.140  6054.180  2932.915    0    0    1    0    0    0    0    0

【问题讨论】：

不是每个人都知道“次要等位基因计数”是什么（特别是因为该短语根本不会出现在您的数据中）。你必须解释，并展示你到目前为止所做的尝试。
我需要使用 boxplot(split(y, g1)) 其中 y 将是每个结果，g1 将是每个 snp 分数
什么是y？ g1 是什么？那些的东西都不会出现在您的数据中。
Y 是每个结果，g1 是每个基因型得分
我把结果拿出来给了一个名字y

标签： r boxplot

【解决方案1】：

不确定箱线图问题，因为我发现该构造被过度使用并且不努力学习它，....但是聚合步骤可能会这样：

aggregate(data[, c("outcome1","outcome2","outcome3")], 
           list( rowSums(data[, 6:13]) ), #construct the by-list
           FUN=mean)
#----------
  Group.1 outcome1 outcome2 outcome3
1       1 5604.662 2430.258 1646.645
2       3 5174.738 1798.280 1156.325

也许只是将boxplot 包裹起来？

        boxplot( ...[ ,2:4], xlab="Sum of minor alleles")

不，我的测试表明我在箱线图中毫无头绪，正如预测的那样。这难道不是同样有效地显示在表格中吗？

【讨论】：

Y 是三个结果（1,2,3）的每个结果，g1 是每个基因型得分
该评论似乎“出乎意料”。该数据输出中没有“Y”或“g1”，当然，除非您编辑问题以为该评论创建一些上下文。
我提到 Y 作为三种治疗的每个结果之一，g1 作为每个 snp 分数（如 0,1,2）
然后你可以分别得到每个结果为Yn <- aggregate(...); Yn[, 2]; Yn[,3], Yn[,4]。