使用从 glmnet 中选择的变量提取和改装 coxph 模型

【问题标题】：extract and refit coxph model with variables selected from glmnet使用从 glmnet 中选择的变量提取和改装 coxph 模型
【发布时间】：2016-04-26 01:24:51
【问题描述】：

我想用从 glmnet 中选择的变量重新拟合 coxph 模型。我知道如何从 cv.glmnet fit 中提取变量名称。但是，对于分类数据，变量的原始名称已更改。例如，Sex 将变为 SexM（或 SexF）。任何人都知道如何从 glmnet 对象中提取原始名称？

【问题讨论】：

那些不是变量名，而是以非参考水平值的因子水平为后缀的变量名。
[link] (stackoverflow.com/questions/27801130/…) 我之前看到有人问过类似的问题，但是链接中指出的提取变量名的方法不适用于带后缀的变量。

标签： r variables glmnet

【解决方案1】：

如果没有示例，很难准确说出您想要什么，但在glmnet 帮助页面中提供的示例中，“变量名称”返回为：

(fit1)$beta@Dimnames[[1]]

请注意，示例中的 x 参数实际上并没有将这些名称作为列名，但它们被分配了这样的值，因为 x 对象是一个矩阵。还有第二组值(fit1)$beta@Dimnames[[1]]。 cv.glmnet 返回的对象也可能是您想要的。他们将被退回

fit1_cv$glmnet.fit$beta@Dimnames[[1]] # or [[2]]

一个具体的例子会很有帮助。

注意：也可以使用dimnames(coef(fit1_cv))[[1]] 或[[2]] 获得成功。（最好使用正确的提取函数。

【讨论】：