【问题标题】:Get confidence intervals and exp with broom from nested coxph-models从嵌套 coxph 模型中获取置信区间和 exp
【发布时间】:2020-11-03 16:38:47
【问题描述】:

数据和库:

test <- tibble(start=c(1,2,5,2,1,7,3,4,8,8), 
              age=c(2,3,6,7,8,9,9,9,14,17), 
              event=c(1,1,0,1,1,1,1,0,0,0), 
              x=c(1,0,0,1,0,1,1,1,0,0),
              sex=c(0,0,0,0,0,1,1,1,1,1))

library(tidyverse)
library(broom)
library(survival)

我想嵌套几个分组的 tibbles 并创建 coxph 对象并使用 tidy 和 Glance 提取和嵌套数据(来自 broom 包)。在整洁的输出中,我还希望数据被指数化并具有置信区间。这有效:

coxph_obj <- (coxph(Surv(start,  event) ~ x + sex + age, test)) 
tidy(coxph_obj, exponentiate = TRUE, conf.int = TRUE)

但是,我不知道如何让exponentiate = TRUE, conf.int = TRUE 在下面的tidied = map(fit, tidy) 中工作:

test %>%
  nest(data = -sex) %>% 
  mutate(
    fit = map(data, ~ coxph(Surv(start,  event) ~ x + sex + age, data = test)),
    tidied = map(fit, tidy),
    glanced = map(fit, glance)
  )

 unnest(c(tidied, glanced), names_repair = "universal" )

【问题讨论】:

  • 使用tidied = map(fit, tidy, exponentiate = TRUE, conf.int = TRUE) 对您的mutate 有什么影响?
  • 它就像魔术一样,谢谢!
  • 很高兴听到...您可以通过这种方式提供其他参数以传递给映射函数...

标签: r tidy cox-regression survival broom


【解决方案1】:

Ben 在评论中提供的答案:

“使用tidied = map(fit, tidy, exponentiate = TRUE, conf.int = TRUE) 会给你带来什么mutate

【讨论】:

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