用 igraph 在 R 中绘制大图答案

【问题标题】：Plotting large graph in R with igraph用 igraph 在 R 中绘制大图
【发布时间】：2026-01-08 11:10:01
【问题描述】：

我试图绘制一个包含 20 万个节点和 800 万条边的网络。我使用的代码在这里：

library(igraph)
file.choose()
xlist<-read.graph("/Users/quyao/Desktop/redstar_relation.txt", format="ncol", directed=TRUE)
xlist
png('my_png.png', width = 1600, height =900)
plot(xlist)
dev.off()

我知道了：

这种图很难研究拓扑。你有什么建议吗？

由于节点和边太多，通过参数'layout'改变布局可能没有太大帮助。

使用我的代码构建这张图片大约需要一个半小时，我怎样才能让它更快？

非常感谢。

【问题讨论】：

你能给我们一些数据吗？目前我们无法重现您的图表。
如果不拆分/合并数据，将很难直观地研究 20 万个节点。
我敢猜测，将这么大的网络可视化不会让你去任何你想去的地方。您最好先定义您要查找的内容和尝试研究的内容，然后拆分数据或对数据进行一些预处理，计算一些统计数据或聚合或其他任何东西 - 然后再可视化任何东西图表/分析的一个方面，这将是可理解的，有助于说明你的观点。您还可以节省等待图表打印的时间。
谢谢大家。 @amit 是对的，我最好先弄清楚我在寻找什么并尝试学习，并在绘图之前进行一些预处理。

标签： r plot social-networking igraph

【解决方案1】：

考虑使用其他软件进行可视化。我通常将 Gephi 用于具有高达 150 000 个节点的图。

但这实际上取决于您的机器有多少 RAM（我的机器有 8 GB）。也可以通过修改配置文件来扩展 Gephi 的 RAM 分配（它不像在 RStudio 中那样自动分配。

【讨论】：

那么你如何处理超过 150k 的节点？
您可以“修剪”数据并根据介数或度数过滤不太重要的节点，也可以增加笔记本电脑的内存。不幸的是，图形计算非常占用 RAM。