无法将狗合奏 ID 转换为基因名称答案

【问题标题】：Can't convert dog ensembl IDs into gene names无法将狗合奏 ID 转换为基因名称
【发布时间】：2022-01-23 19:14:38
【问题描述】：

我通常使用 biomaRt 将基因 ID 转换为符号。但是，这次我（对于狗）拥有的 ensembl ID 与 biomart 数据集“clfamiliaris_gene_ensembl”的 ensembl id 不匹配。

我也尝试使用 ensembl 门户网站，那里的狗数据集称为 ROS_Cfam_1.0。看起来我的基因与他们数据集中的基因不匹配。我的基因是这样的：

“ENSCAFG00000045440”“ENSCAFG00000000001”“ENSCAFG00000000002”“ENSCAFG00000041462”“ENSCAFG00000000005”

这是我的 biomart 代码：

ensembl <- useMart("ensembl")
ensembl <- useDataset("clfamiliaris_gene_ensembl",mart=ensembl)
gene_id <- getBM(attributes = c('ensembl_gene_id', 'external_gene_name'),
                 values = rownames(mydata),
                 filters = c('ensembl_gene_id'), mart = ensembl)
gene_id
[1] ensembl_gene_id    external_gene_name
<0 rows> (or 0-length row.names)

它没有找到我的价值观。我应该为狗使用不同的数据集吗？

【问题讨论】：

在 Bioconductor 支持网站support.bioconductor.org 上提问可能会更好

标签： r bioinformatics biomart

【解决方案1】：

这些 ID 来自拳师犬基因组组装：https://www.ensembl.org/Canis_lupus_familiaris/Info/Strains?db=core

但是，BioMart 不适用于犬种（以及其他物种和品系）：https://www.ensembl.info/2021/01/20/important-changes-of-data-availability-in-ensembl-gene-trees-and-biomart/

但是，您可以使用 POST lookup/id REST API 端点来检索来自任何物种的基因 ID 列表的基因符号：http://rest.ensembl.org/documentation/info/lookup_post

【讨论】：