在 R 中，如何将复杂的列表对象转换为数据框对象

Question

我有一个从 .RData 文件中检索到的数据集。如果使用 head() 我的数据如下所示：

>head(df,1)

      R123    R456   
cg1   1.252   1.282

使用“typeof()”命令告诉我数据类型是一个列表。但是，如果我使用“class()”，我的输出是 data.frame：

>typeof(df)

>class(df)
"data.frame"

此外，我可以使用 df$ 之类的命令，我的输出如下所示

>df$R123
1.252   1.895 

它返回对应于 cg1 和 cg2 行的值。 使用 df[1,] 和 df[,1] 给我这样的输出：

>df[1,]
     R123    R456
cg1  1.252   1.252              

>df[,2]
1.252   1.895

我使用 rownames() 来确认 cgX 是行名 这些是我的问题：

1. 有人可以解释这是这种类型的数据格式吗？
2. 有人可以解释我如何将此数据转换为“长”格式数据框吗？

   我想以“长”格式获取数据集，以便更容易分析。理想的格式应该是这样的：

   Individual_ID     cg_site    value
   R123              cg1        1.252
   R123              cg2        1.895   
   R456              cg1        1.282
   R456              cg2        1.572
   

   如果上下文有帮助。数据是关于 DNA 甲基化位点的。 RXYZ是ID号，cgX是位置，数值是甲基化活性的数量。真实的数据集非常庞大，手动进行这种转换非常困难。

Answer 1

我们可能会使用

as.data.frame.table(as.matrix(df))