R中列联表的维恩图

【问题标题】：Venn diagrame from contingency table in RR中列联表的维恩图
【发布时间】：2023-01-14 01:00:57
【问题描述】：

假设我有一个类似列联表的数据，它显示了丰富的数据，但我想从这个数据框中绘制维恩图。请帮忙我的数据结构如下

species_abundance<-data.frame(Genus = c("Parasphingorhabdus", "Loktanella", "Cytobacillus", "Paracoccus", "Paucisalibacillus", "Kytococcus", "Salinibacterium"),
               S3 = c(0, 0, 1, 1, 0, 0, 1),
               S5 = c(0, 0, 0, 2, 1, 0, 1),
               S7 = c(3, 1, 0, 0, 3, 1, 0),
               S9 = c(0, 1, 0, 0, 2, 1, 0),
               S10 = c(2, 0, 1, 0, 3, 2, 1))

请帮助我如何从此数据框中绘制维恩图，以便在不同站点（S3、S5、S7 ......）中找到独特和共享的物种提前致谢

【问题讨论】：

标签： r dataframe venn-diagram contingency venn

【解决方案1】：

有几种方法可以在 R 中获得 4 变量维恩图，但超出此类别数量的维恩图是 extremely complicated，这不是可视化数据的好方法。在您的情况下，呈现此类数据的自然方式是通过热图。您首先需要将数据重塑为长格式。

library(tidyverse)

species_abundance %>%
  pivot_longer(-Genus, names_to = 'Site', values_to = 'Count') %>%
  mutate(Site = factor(Site, unique(Site))) %>%
  ggplot(aes(Site, Genus, fill = factor(Count))) +
  geom_tile(color = 'black') +
  geom_text(aes(label = ifelse(Count == 0, '', Count))) +
  coord_equal() +
  scale_fill_manual(guide = 'none', 
                    values = c('white', 'lightyellow', 'yellow', 'orange')) +
  theme_minimal(base_size = 16)

【讨论】：

谢谢，但我想画维恩图，如果可能的话，请帮我至少画四个站，这样我就可以理解 R 中的一些基础知识