Conda 环境异常答案

【问题标题】：Conda Environment ExceptionConda 环境异常
【发布时间】：2022-12-20 05:08:54
【问题描述】：

我正在尝试通过使用 snakemake 管道来使用 TOBIAS https://github.molgen.mpg.de/loosolab/TOBIAS_snakemake

这是为了主题分析。我执行以下步骤：

git clone https://github.molgen.mpg.de/loosolab/TOBIAS_snakemake.git
cd TOBIAS_snakemake
conda activate tobias_snakemake_env
snakemake --configfile example_config.yaml --use-conda --cores 4


But every time I get 

CreateCondaEnvironmentException:
Could not create conda environment from /data/halimaakhter/opt/TOBIAS_snakemake/environments/tools.yaml:
Command:
mamba env create --quiet --file "/data/halimaakhter/opt/TOBIAS_snakemake/.snakemake/conda/12623a984fa886b9468f45a55cb21bd7_.yaml" --prefix "/data/halimaakhter/opt/TOBIAS_snakemake/.snakemake/conda/12623a984fa886b9468f45a55cb21bd7_"
Output:

每次我为 wilson.yaml 或 uropa.yaml 或 tools.yaml 或 tobias.yaml 创建环境时出现异常

我卸载了 anaconda 并安装了新的 anaconda 并再次执行了这些步骤，但仍然一次又一次地出现相同的错误。

【问题讨论】：

您的问题被标记为 conda 和 mamba - 哪个安装在您的系统上？您使用的是哪个版本的 Snakemake？
mamba env create --file "/data/halimaakhter/opt/TOBIAS_snakemake/.snakemake/conda/12623a984fa886b9468f45a55cb21bd7_.yaml" --prefix "/data/halimaakhter/opt/TOBIAS_snakemake/.snakemake/conda/12623a984fa886b9468f45a55cb21bd7_" 输出什么？
输出：解决问题时遇到的问题： - 没有提供 r-ggplot2-2.0.0-r3.2.2_0 所需的 r 3.2.2* - 没有提供 r-magrittr-1.5-r3.2.2_0 所需的 r 3.2.2* -没有提供 curl-7.79.0-hea6ffbf_0 所需的 libcurl 7.79.0 h2574ce0_0
@KeyboardCat，它们都已安装。

标签： conda snakemake mamba

【解决方案1】：

我正在使用 Snakemake，我发现通道的顺序对于解决 conda env 非常重要。以这个简单的环境为例：

channels:
  - bioconda
  - conda-forge
  - defaults
dependencies:
  - python>=3.9
  - pandas
  - structlog
  - rich
  - pysam

它不会解决并给出有关包 libcurl 的错误。但是只要切换conda-forge先列出来，env就可以解决：

channels:
  - conda-forge
  - bioconda
  - defaults
dependencies:
  - python>=3.9
  - pandas
  - structlog
  - rich
  - pysam

如果它们不起作用，请尝试编辑环境的 yaml 文件以切换这两个文件。我今天刚遇到这个错误，在我意识到问题所在之前发现了这个问题。

【讨论】：