【问题标题】:Linux Environment Modules or Conda EnvironmentLinux 环境模块或 Conda 环境
【发布时间】:2018-06-01 17:19:58
【问题描述】:

我查找了 Linux 环境模块或 Conda 环境之间的区别,但我不清楚它们有何不同。基本上,我想在我的 Ubuntu 中安装 OpenMPI 和 Mpich,但它们共享几个编译器包装器。为了安全起见,我想隔离它们,那么我应该使用什么 - 模块或 Conda 环境或任何其他替代方案?

另外,如果我使用 Conda 环境,我可以将编译的软件二进制文件限制在环境中吗?我很惊讶我在基础环境中安装了一些软件,但我能够从另一个环境访问。

【问题讨论】:

    标签: mpi conda environment mpich environment-modules


    【解决方案1】:

    Environment Modules 旨在使用户能够使用默认环境中不可用的软件。在您的情况下,您可以将 OpenMPI 和 Mpich 安装在独立的路径中,然后使用模块文件,用户可以启用他们选择的 MPI 风格。

    这是在 Fedora 系统上安装 openmpimpich 时默认提供的:

    $ module show mpi/mpich-x86_64 
    -------------------------------------------------------------------
    /etc/modulefiles/mpi/mpich-x86_64:
    
    conflict        mpi
    setenv          MPI_BIN /usr/lib64/mpich/bin
    setenv          MPI_SYSCONFIG   /etc/mpich-x86_64
    setenv          MPI_FORTRAN_MOD_DIR     /usr/lib64/gfortran/modules/mpich
    setenv          MPI_INCLUDE     /usr/include/mpich-x86_64
    setenv          MPI_LIB /usr/lib64/mpich/lib
    setenv          MPI_MAN /usr/share/man/mpich-x86_64
    setenv          MPI_PYTHON_SITEARCH     /usr/lib64/python2.7/site-packages/mpich
    setenv          MPI_PYTHON2_SITEARCH    /usr/lib64/python2.7/site-packages/mpich
    setenv          MPI_PYTHON3_SITEARCH    /usr/lib64/python3.6/site-packages/mpich
    setenv          MPI_COMPILER    mpich-x86_64
    setenv          MPI_SUFFIX      _mpich
    setenv          MPI_HOME        /usr/lib64/mpich
    prepend-path    PATH /usr/lib64/mpich/bin
    prepend-path    LD_LIBRARY_PATH /usr/lib64/mpich/lib
    prepend-path    MANPATH /usr/share/man/mpich-x86_64
    prepend-path    PKG_CONFIG_PATH /usr/lib64/mpich/lib/pkgconfig
    -------------------------------------------------------------------
    $ module show mpi/openmpi-x86_64 
    -------------------------------------------------------------------
    /usr/share/modulefiles/mpi/openmpi-x86_64:
    
    conflict        mpi
    prepend-path    PATH /usr/lib64/openmpi/bin
    prepend-path    LD_LIBRARY_PATH /usr/lib64/openmpi/lib
    prepend-path    PKG_CONFIG_PATH /usr/lib64/openmpi/lib/pkgconfig
    prepend-path    MANPATH /usr/share/man/openmpi-x86_64
    setenv          MPI_BIN /usr/lib64/openmpi/bin
    setenv          MPI_SYSCONFIG   /etc/openmpi-x86_64
    setenv          MPI_FORTRAN_MOD_DIR     /usr/lib64/gfortran/modules/openmpi
    setenv          MPI_INCLUDE     /usr/include/openmpi-x86_64
    setenv          MPI_LIB /usr/lib64/openmpi/lib
    setenv          MPI_MAN /usr/share/man/openmpi-x86_64
    setenv          MPI_PYTHON_SITEARCH     /usr/lib64/python2.7/site-packages/openmpi
    setenv          MPI_PYTHON2_SITEARCH    /usr/lib64/python2.7/site-packages/openmpi
    setenv          MPI_PYTHON3_SITEARCH    /usr/lib64/python3.6/site-packages/openmpi
    setenv          MPI_COMPILER    openmpi-x86_64
    setenv          MPI_SUFFIX      _openmpi
    setenv          MPI_HOME        /usr/lib64/openmpi
    -------------------------------------------------------------------
    

    【讨论】:

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