Conda 环境中的意外 Python 路径

Question

在 Conda 环境中（此处为 base），我对 Python 路径中目录的顺序感到惊讶：

python -c "import sys; print(sys.path)"
['', 
'/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/lib/python37.zip',
'/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/lib/python3.7',
'/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/lib/python3.7/lib-dynload',
'/export/home/db291g/.local/lib/python3.7/site-packages',
'/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/lib/python3.7/site-packages']

如您所见，我的本地非 Conda 路径：

/export/home/db291g/.local/lib/python3.7/site-packages

出现在 Conda 对手之前：

/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/lib/python3.7/site-packages

这意味着如果在 .local/lib/python3.7/site-packages 中也找到安装在 miniconda3/lib/python3.7/site-packages 中的 Python 包，它们将被忽略。事实上，在.local/lib/python3.7/site-packages 我有numpy v1.20，但在 Conda 环境中我需要 v1.19，它已正确安装，但已被 v1.20 取代。这似乎违背了使用 Conda 的意义。

我的配置有问题还是我在这里遗漏了什么？

一些信息：

which python
/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/bin/python

python -V
Python 3.7.12

which conda
/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/bin/conda

conda --version
conda 4.11.0

Answer 1

这是预期的行为（参见PEP 370），部分原因是Anaconda recommended against user-level package installations。

The site module 负责在 Python 初始化时设置 sys.path。 The code in site.py 专门在附加前缀站点之前附加用户站点，这就是导致这种优先级排序的原因。根据 PEP 370 的动机是用户将在系统级安装 Python，但希望优先安装他们在用户级安装的包，因此用户站点应该在前缀站点之前加载。

选项

有几个选项可以避免加载用户级站点包。

1：环境变量

环境变量PYTHONNOUSERSITE 将切换加载用户级别site-packages。即，

PYTHONNOUSERSITE=1 python -c "import sys; print(sys.path)"

2：Python -s标志

或者，Python 二进制文件有一个 -s 参数来专门禁用用户级站点包。

python -s -c "import sys; print(sys.path)"

3：删除（并避免将来）用户级安装

The Conda recommendation 是为了完全避免pip install --user，这将被解释为应该从系统中删除~/.local/lib/python* 文件夹。

4：自动化Conda环境变量

Conda Forge 包

The Conda Forge package conda-ecosystem-user-package-isolation 将在环境激活期间自动设置PYTHONNOUSERSITE=1。

如果您希望所有环境默认都具有这种隔离，请考虑将其添加到 create_default_packages 配置列表中：

conda config --add create_default_packages conda-ecosystem-user-package-isolation

请注意，此包还设置了R_LIBS_USER="-"，将任何 R 环境与用户级包隔离开来。

替代套餐

如果您想要更细化的选项，我还创建了单独的包，仅设置 PYTHONNOUSERSITE=1 和 PYTHONPATH="" 环境变量，可以通过以下方式安装：

## set PYTHONNOUSERSITE=1
conda install merv::envvar-pythonnousersite-true

## clear PYTHONPATH
conda install merv::envvar-pythonpath-null