请解释一下为什么我在snakemake中遇到这个错误？我已经挣扎了好几天了，请告诉我出了什么问题

Answer 1

Snakemake 在输出中使用模式来推断要使用哪些输入。在最后一条规则中，输出为raw_Counts，它没有说明{sample} 通配符使用什么。将其更改为类似这样的内容可能适用于您的用例：

rule featureCounts:
    input:
        samples="aligned/{sample}.sorted.bam",   
        gtf=rules.get_genome_gtf.output.gtf
    output:
        "raw_Counts_{sample}.txt"

这将需要将扩展​​版本添加到规则 all：

    # add this target to rule all
    expand("raw_Counts_{sample}.txt", sample=SAMPLE),

编辑：如果此规则旨在作为聚合，则在输入指令中，您将希望通过替换所有值来删除通配符搜索。

rule featureCounts:
    input:
        samples=expand("aligned/{sample}.sorted.bam", sample=SAMPLE),   
        gtf=rules.get_genome_gtf.output.gtf
    output:
        "raw_Counts"

编辑 2：请注意 glob_wildcards 不会返回每个通配符的唯一值，而是返回与每个 globbed 文件关联的通配符。如果您想要唯一的值，那么实现此目的的一种简单方法是将SAMPLE 转换为一个集合（专门针对此规则）。

rule featureCounts:
    input:
        samples=expand("aligned/{sample}.sorted.bam", sample=set(SAMPLE)),   
        gtf=rules.get_genome_gtf.output.gtf
    output:
        "raw_Counts"