如何使用.txt文件中的每一行作为snakemake的新输入答案

【问题标题】：How to use every line in .txt file as new input for snakemake如何使用.txt文件中的每一行作为snakemake的新输入
【发布时间】：2022-07-06 15:29:32
【问题描述】：

我有一个文件“filenames.txt”：

a.txt
b.txt
c.txt
d.txt

我想在snakemake 中使用这些行作为输入。有谁知道我该怎么做？

【问题讨论】：

这能回答你的问题吗？ Snakemake - How do I use each line of a file as an input?（参考答案第二部分）
我对snakemake一无所知，因此无法真正回答您的问题。但是你有没有试过用谷歌搜索dynamic import 或dynamic file names 或类似的东西？快速搜索会为我产生几个结果，包括：stackoverflow.com/questions/57327210/…（这是一种稍微不同的方法，它将读取目录中的所有 .txt 文件，但需要考虑一下）。使用您的方法，我假设您可以读取原始文件名.txt，然后遍历每一行，并在循环内读取每个文件。

标签： snakemake

【解决方案1】：

您可以在蛇文件中使用 python。以下是获取文件名列表的方法：

with open('filenames.txt') as fh:
    filenames = [line.strip() for line in fh]

那么，我不确定您打算如何使用这些文件名。如果您希望您的工作流程创建这些文件，则应将其设为顶部 all 规则的 input 部分：

rule all:
    input: filenames

而且你当然应该有一个可以创建这样一个文件的规则：

rule create_file:
    output: "{letter}.txt"
    shell:
        """
        touch {output[0]}
        """

【讨论】：