如果一个输入文件比一个输出文件新，或者一个输入文件将被另一个作业更新，则 Snakemake 仅重新运行作业

Question

我是蛇人新手。当我阅读Snakemake 的 Docks 中的 Snakemake 教程时，the last sentence in step one，我无法理解其中的含义。谁能解释一下，非常感谢！

仅当输入文件之一比输出文件之一新或输入文件之一将被另一个作业更新时，Snakemake 才会重新运行作业。

Answer 1

这意味着当你运行 Snakemake 时，它​​会查找工作流中定义的结果文件（这里是 mapped_reads/A.bam）。如果文件已经存在，Snakemake 将不会运行工作流。但它也会检查所涉及文件的时间戳。如果您更改输入文件，它也可能会更改输出。因此，如果 Snakemake 看到输入比输出更新，它将重新运行工作流。