Mcnemar 检验的灵敏度

Question

我想看看受影响组的基因是否比没有受影响的组多

我首先认为 Fisher 精确检验是正确的，但由于受影响的组和没有受影响的组是相关的（成对的）所以在我看来 McNemar 检验更正确？

当我尝试测试时，它返回给我一个显着的 p 值 2.2-e16，即使该基因的携带者在受影响组和未受影响组中都相同，这会说该基因在其中一个中富集两组？

相反，当我尝试进行 Fisher 测试时，我的 p 值为 1，这对我来说是有意义的，因为受影响和不受影响的基因数量是相等的。但由于它是配对数据，我无法使用此测试。

tt = with(data, table(Disease, Gene))
tt
                             Gene
       Disease        NoCarrier    Carrier
          NoAffected      2043       57
          Affected        2043       57
mcnemar.test(tt)

McNemar's Chi-squared test with continuity correction

   data:  tt
   McNemar's chi-squared = 1876.3, df = 1, p-value < 2.2e-16

谢谢

Answer 1

在 McNemar 检验中，原假设是 t他被分类为单元 [i,j] 和 [j,i] 的概率相同。

所以 p 值应该很小，因为它是。考虑 i = 1 和 j = 2 的情况。

H0：出现在第 1 行第 2 列的概率 只有 57 个观察值 = 出现在第 2 行第 1 列的概率 哪里有 2,043

我们绝对可以拒绝原假设！

有关更多信息，请参阅?mcnemar.test。