【问题标题】:Normalize FHIR bundles data into separate database tables规范化 FHIR 将数据捆绑到单独的数据库表中
【发布时间】:2018-07-17 21:57:39
【问题描述】:

我们从供应商处获得 FHIR 捆绑包,主要是耐心、遭遇、观察、标记和其他一些资源(总共 10 个)。我们可以选择将资源存储为 json 值,或者我们可以提出一个流程来将所有嵌套结构标准化为单独的表。我们将使用传统的 BI 工具进行一些分析并构建一些仪表板,这些工具本身不支持 json。我们应该做前者还是后者,以编程方式构建/生成这些规范化表的最佳/最简单方法是什么?

【问题讨论】:

    标签: hl7-fhir


    【解决方案1】:

    最终,您决定如何存储这些不属于 FHIR 范围的一部分,您在这里得到的任何答案都将是一个人的意见。您需要弄清楚哪种方法对您正在构建的产品/业务最有意义。

    以下是一些可能对您有所帮助的首要原则:

    1. 不同的供应商会向您发送不同的 FHIR。可能缺少字段,可能使用不同的代码系统。

    2. FHIR 扩展包含大量有价值的信息,JSON 表示为 Entity Attribute Value。 EAV 是关系数据库的反模式。

    3. FHIR 版本将超时更改 - 字段将被添加并更改其名称,并且新的扩展将是相关的。

    至于您关于生成表格的第二个问题 - 我认为最好通过设计您需要的数据模型并将 FHIR 数据映射到它来为您服务。也就是说,有很多open source FHIR implementations 你可以学习以获得灵感。

    【讨论】:

    • 很好的答案,感谢您指出 EAV 模型。你准确地表达了困扰我的事情。我认为我们最终会采用一种混合方法,即存储原始 FHIR 包,然后将其中的一些建模为标准化的平面表,以便于 BI 工具使用。我注意到 HAPI FHIR 实现将整个 JSON 资源存储在数据库中,因此它们没有进行任何映射。
    【解决方案2】:

    postgresql、oracle 和 mssql 等现代数据库对 json 数据类型有很好的支持。要为 BI 扁平化 FHIR 资源,您可以考虑构建关系(可能是规范化的)视图。我们构建了简单的 DSL,它允许您将目标关系描述为资源中的一组 (fhir) 路径。

    【讨论】:

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