为 BRCAPRO 癌症基因风险计算引擎编写 GUI

Question

我认为这是 Stack Overflow 上一个完全独特的问题。先介绍一下背景：

有人要求我在名为 BRCAPRO (brack-a-pro) 的计算引擎之上编写一个新的 GUI。 BRCAPRO 基于名为 BayesMendel 的软件实现了孟德尔计算模型。 BRCAPRO 计算被专门从事癌症治疗的医生和外科医生用来向患者展示：

• 根据他们的基因和家族史被诊断出患有癌症的概率。
• 根据不同治疗形式和/或开始这些治疗的年龄，预期寿命的变化。

我已经做了足够多的研究，知道 BRCAPRO 公式过于复杂，无法在我自己的代码中合理实现。

有一个众所周知的（癌症医生）软件包，称为 CancerGene：http://www8.utsouthwestern.edu/utsw/cda/dept47829/files/65844.html。这个程序很老了，在 Windows 95 上运行，包括我的客户端无法使用的几种癌症的计算引擎。理想情况下，我的客户希望他的应用程序在网络上运行，以便他可以轻松地与其他医生共享信息。

我的任务是使用基于 BRCAPRO 引擎的 CancerGene 应用程序，并且：

1. 复制其 90% 的功能
2. 删除不必要的功能
3. 修改报告的输出
4. 如果可能，使其基于网络

现在我的问题：

有人知道如何针对 BRCAPRO 进行编码吗？我用 Google 搜索了两天，没有发现任何 API 文档或开发信息。维基百科说 BayesMendel 建模软件是用 R 编写的，但我不知道 BRCAPRO 是用什么编写的。我对 R 完全一无所知。

需要说明的是，我不需要修改 BRCAPRO 的行为或计算引擎。我只需要知道如何输入它，以便它返回数字给我。

-- 编辑以添加更多信息--

我在上面的链接中下载了 CancerGene 应用程序并安装了它。有少量文档，包括 BRCAPRO 期望接收的数据格式。在不涉及不必要的细节的情况下，BRCAPRO 需要矩阵格式的数据，其中每一列代表一个遗传特征，每一行代表一个家庭成员。现在我只需要知道如何从我的 Web/Windows 表单中收集到这个矩阵后，如何将它传递给 BRCAPRO 引擎。

希望 Stack Overflow 上有几个医生/开发人员！

KN

Answer 1

根据this link：

BRCAPRO 模型现在包含在 R 包 BayesMendel 中，用于载波概率 [原文如此] 预测。

所以看起来你是从 R 中使用它的。

documentation for the BayesMendel 包至少可以帮助您入门。虽然看起来你将不得不学习 R。:)

Answer 2

我认为没有人能够将完整应用程序的代码放入一个小窗口，但我会根据我的处理方式给你一些想法：

1. Install R
2. Install BayesMendel package -- 这包括 BRCAPRO 例程
3. Install RPy -- Python-to-R 桥
4. 写RPy-based Python code 将您的数据导入R，将其转换为a data frame 和analyzing the data frame with the BRCAPRO component of BayesMendel
5. 将BayesMendel 的分析输出连接到brcaResults class that you write
6. Wrap accessors to your brcaResults class in a GUI，使用任何一种 Python GUI 框架

这是执行此操作的一种方法的概述。

这种方法的好处是它应该很容易粘合在一起，并与BRCAPRO 的新功能保持同步。