如何将 Conda 环境与 RStudio Server 一起使用？答案

【问题标题】：How can I use Conda environments with RStudio Server?如何将 Conda 环境与 RStudio Server 一起使用？
【发布时间】：2019-02-22 04:47:59
【问题描述】：

对于我的数据科学项目，我使用conda 来跟踪所有已安装的包。

> conda create -n my_project R=3.4.1 r-tidyverse
> conda activate my_project
> which R 
/storage/apps/anaconda3/envs/my_project/bin/R
> R --version
R version 3.4.1 (2017-06-30) -- "Single Candle"

如何在rstudio-server 中使用 Conda 环境的 R？我知道rsession-which-r 配置选项，但是这样我不能轻松地在环境之间切换。

【问题讨论】：

标签： r conda rstudio-server

【解决方案1】：

我创建了一个 GitHub 存储库，其中包含两个脚本，可让您在 Conda 环境中以非守护程序模式启动 Rstudio 服务器：rstudio-server-conda。

工作原理：

您可以在非守护模式下启动 rstudio-server（类似于jupyter notebook）康达环境。

> conda activate my_project
> /usr/lib/rstudio-server/bin/rserver \
   --server-daemonize=0 \
   --www-port 8787 \
   --rsession-which-r=$(which R) \
   --rsession-ld-library-path=$CONDA_PREFIX/lib

为避免库路径出现其他问题，rsession 也需要在 Conda 环境中运行。这是通过将 rsession 包装到 rsession.sh 脚本中来实现的。包装的 rsession 可执行文件的路径可以作为命令行参数传递给 rserver。

rserver # ...
    --rsession-path=rsession.sh

最后，当使用多个用户时，必须为每个用户生成一个唯一的secret-cookie-key。可以将秘密 cookie 密钥的路径作为命令行参数传递给 rserver。

uuid > /tmp/rstudio-server/${USER}_secure-cookie-key
rserver # ...
   --secure-cookie-key-file /tmp/rstudio-server/${USER}_secure-cookie-key

【讨论】：

很好的答案！虽然我将www-port 设置为8787，但它是rstudio-server 的默认端口。在 Conda 环境中将 [rsession-which-r](support.rstudio.com/hc/en-us/articles/…) 设置为 R 可执行文件一直给我初始化错误。使用您的答案，我现在可以在 Conda 环境中运行 rstudio-server，该环境也将正确使用 Python 环境与 reticulate 包一起使用。
谢谢，使用 --secure-cookie-key-file 选项修复了在 rserver 退出的多用户集群上通过奇异点运行 rocker/tidyverse 的问题：ERROR system error 2 (No such file or directory) [path=/tmp/rstudio-server/secure-cookie-key]; OCCURRED AT: rstudio::core:: <snip>