IIS 6.0 以两种不同操作模式中的一种运行：工作进程隔离模式和 IIS 5.0 隔离模式。应用程序代码在隔离环境下运行，但不会像以前的 IIS 版本那样对性能造成负面影响。应用程序隔离是指按进程边界来隔离应用程序，以防不同的应用程序互相影响。对于这两种 IIS 隔离模式，应用程序隔离的配置方式有所不同。
默认情况下，全新安装 IIS 6.0 之后，IIS 以工作进程隔离模式运行。在工作进程隔离模式下，您可以将应用程序进程划分到不同的应用程序池中。同样，对于 ASP.NET 应用程序而言，应用程序配置通过 Web.config 或 Machine.config 文件进行定义。如果在工作进程隔离模式下运行，那么您必须通过 IIS 配置在 Machine.config 文件中定义的属性