背景资料

Conda是一个开源包管理系统和环境管理系统,用于安装多个版本的软件包及其依赖关系,并在它们之间轻松切换。 它适用于Linux,OS X和Windows,是为Python程序创建的,但可以打包和分发任何软件。

Conda包括在Anaconda和Miniconda。 Conda也包括在Anaconda的Continuum订阅中,它为Python,R,Node.js,Java和其他应用程序堆栈提供现场企业包和环境管理。 Conda在pypi中也是可用的,虽然这种方法可能不是最新的。

 Miniconda是一个小的“引导”版本,只包括conda,Python和它们依赖的包。 超过720个科学软件包及其依赖项可以使用“conda install”命令从Continuum存储库单独安装。(懒得写了,引用链接:https://www.jianshu.com/p/17288627b994)
 

下载 (根据不同需求和版本下载)

1:官网下载:

https://conda.io/en/latest/miniconda.html

挑选适合自己版本的软件包:例如

Windows Mac OS X Linux
Python 3.7

64-bit (exe installer)

32-bit (exe installer)

64-bit (bash installer)

64-bit (.pkg installer)

64-bit (bash installer)

32-bit (bash installer)

Python 2.7

64-bit (exe installer)

32-bit (exe installer)

64-bit (bash installer)

64-bit (.pkg installer)

64-bit (bash installer)

32-bit (bash installer)

2:wget下载:

例如

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

 安装

在安装包所在目录下,对sh文件使用bash命令。

例如:

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

miniconda会默认将文件夹安装在/home目录下,生成minicomda3的目录。 

在安装过程中可以一直选择"yes“,需要注意的是,自动安装完成时,实际上还需要自己手动添加环境。在自动安装完后,很多人会遇见在terminal中使用conda命令,而会提示conda: command not found。这是因为未配置好,在安装过程中如果担心miniconda污染原来的环境,可以选no,不过后期也需要调试,这里不做讨论。

配置

很多人在网上说需要配置好./bashrc,但是事实上将安装路径添加在./bashrc里是没有用的。起码我照着试了几次都是无效的,至少是虽然可以调用conda命令,但是terminal上的用户名之类的东西很长,说明没有将miniconda放到系统的环境变量里。这里我阐述一下他们的做法和我的做法

他们的一般做法:配置./bashrc

Biolinux中Miniconda的安装及环境问题

ctr + H 隐藏/显示系统文件,右键打开.bashrc,在最后一行添加export PATH=$PATH:/home/manager/miniconda3/bin(注意:这里需要根据不同用户的用户名更改),保存退出,再重启source   .bashrc 。(但是你会发现,直接在terminal中键入conda还是不显示提示的,还是显示未找到conda: command not found,所以此方法至少对我是无效的,当然这个方法可以改进,我没深入研究)

Biolinux中Miniconda的安装及环境问题

我的做法:配置 .zshrc文件,因为./bashrc 是写给bash 看的,而bash现在没成功,换用的是zsh 所以要配置./zshrc 

Biolinux中Miniconda的安装及环境问题

同理将安装路径加到.zshrc文件最后 ,保存重启,source ~/.zshrc。

这样就成功了。Biolinux中Miniconda的安装及环境问题

查看版本 Biolinux中Miniconda的安装及环境问题

如果未能安装成功,可以卸载miniconda,多试几次。 

rm - rf miniconda3/

 参考文章:

https://blog.csdn.net/weixin_38705903/article/details/86533863

https://blog.csdn.net/u014218108/article/details/48716969

https://stackoverflow.com/questions/26616003/shopt-command-not-found-in-bashrc-after-shell-updation

https://www.jianshu.com/p/fab0068a32b4

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