总结一句就是我真的太菜了。
想在自己的电脑上跑一下这个数据集,结果遇到很多问题,俺真是太菜了。。。。
先贴这个项目的三个链接。
1.论文
https://arxiv.org/abs/2010.14925
2.项目
https://medmnist.github.io/
3.github
https://github.com/MedMNIST/MedMNIST

在github上把整个代码下载下来,pycharm打开,嗯就是这个样子
MedMNIST采坑记录
下载下来直接右键运行train.py,很神奇这个默认是在pytest下运行的,报错报错,在run中改成一般的运行。

再次运行,结果,说我没有sklearn。神奇
因为运行这个要用到pytorch,所以我一开始在settings中选择了这个
MedMNIST采坑记录
但是这里没有sklearn啊!!!好吧那就装一个,打开anaconda中的prompt,进入我当时装pytorch的虚拟环境:conda activate pytorch,然后pip install sklearnMedMNIST采坑记录
完事,顺手把pandas也装了。

OK继续,发现environ.py 文件需要填两个路径,dataroot和outputroot,他有给参考是/data和/result,既然给了参考值,那就参考呗。

再次运行,还是报错,提示是:
Traceback (most recent call last):
File “F:/pycharmProjects/MedMNIST-main/train.py”, line 225, in
data_name = sys.argv[1]
IndexError: list index out of range
MedMNIST采坑记录
百度了一下这个错误,大意就是我少了一个参数,完整的是python xxx.py A,我少了A这个参数,正常的运行不是到文件名结束就完事了吗5555,这个A是啥,不管先传个5进去,诶这个pycharm下面的框框文字不能编辑诶,好吧那就用anaconda prompt运行,打开之后输入:
MedMNIST采坑记录
又报错==,
Traceback (most recent call last):
File “F:/pycharmProjects/MedMNIST-main/train.py”, line 226, in
main(data_name)
File “F:/pycharmProjects/MedMNIST-main/train.py”, line 36, in main
with open(INFO, ‘r’) as f:
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: ‘./medmnist/medmnist.json’
OK那研究一下代码吧,应该是这个data_name不对,导致INFO读不出来,看了一下medmnist.json,上面那个神奇的A参数传的应该是10个不同的分类的名称,这就是这10个名字,那再来吧MedMNIST采坑记录
选了chestmnist,还是报错啊啊啊啊我的心态,提示是:

Traceback (most recent call last):
File “F:/pycharmProjects/MedMNIST-main/train.py”, line 226, in
main(data_name)
File “F:/pycharmProjects/MedMNIST-main/train.py”, line 67, in main
train_dataset = dataclass[flag](split=‘train’, transform=train_transform)
File “F:\pycharmProjects\MedMNIST-main\medmnist\dataset.py”, line 23, in init
npz_file = np.load(os.path.join(environ.dataroot,"{}.npz".format(self.flag)))
File “C:\Anaconda3\envs\pytorch\lib\site-packages\numpy\lib\npyio.py”, line 428, in load
fid = open(os_fspath(file), “rb”)
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: ‘/data\chestmnist.npz’MedMNIST采坑记录
到这一步发现,我根本没有下载数据集。。。。。。。。。。。===
https://www.dropbox.com/sh/upxrsyb5v8jxbso/AADOV0_6pC9Tb3cIACro1uUPa?dl=0
去这个链接把所有数据集都下载了,然后放在就是上面那个/data的data文件夹下,
MedMNIST采坑记录
再次运行!这次应该没问题了,开始漫长的等待。。。MedMNIST采坑记录

分类:

技术点:

相关文章: