最初我运行了 shell 脚本并将输出定向到文件中，然后使用 Perl 读取文件并解析它。我想把这两个步骤放在一个 Perl 脚本中。
我试着写这样的东西：
my $in = 'file.txt';
my $read = qx(samtools view -S $in |cut -f 3|sort|uniq -c|awk '{OFS="\t";print \$2,\$1}');
open (IN,"<",$read) || die "cannot open $read: $!";
我收到无法打开 $in 的错误消息，并且 qx() 命令的结果已打印在屏幕上。
我不明白为什么这不起作用以及如何使它起作用..
编辑：
打开行的错误是：
File name too long
【问题讨论】：
shell 命令生成的字符串末尾可能包含换行符。通过chomp删除它：
chomp $in;
另外，请使用普通变量作为文件句柄：
open my $fh, "<", $in or die qq(Can't open "$in": $!);
【讨论】：
您的代码将读取您已运行的 shell 命令的输出并将该输出（写入 STDOUT 的任何内容）存储在 $in 中。
当您尝试在其中使用 $in 时，我怀疑 shell 命令能否正常运行，并且它可能未定义。
如果你在脚本的顶部use strict; 可以发现这一点。
my $in = qx(samtools view -S $in |cut -f 3|sort|uniq -c|awk '{OFS="\t";print \$2,\$1}');
// No need to open anything here, just inspect $in
我不熟悉“samtools”，但您可能需要修复 shell 命令并使用正确的东西而不是 view -S $in 中的 $in
编辑：
好的，您是说您的 shell 命令写入一个文件，然后您想读取该文件。我误会了！
我上面所说的仍然正确，但要更全面地解决您的问题，您需要执行以下操作：
my $in = 'file.txt';
my $cmd_output = qx(samtools view -S $in |cut -f 3|sort|uniq -c|awk '{OFS="\t";print \$2,\$1}');
open my $fh, '<', $in or die "ERROR: Couldn't open $in for reading: $!";
第二次编辑，在 cmets 中回答问题：
为了逐行解析输出，你可以这样做：
foreach my $line (split /\n/, $cmd_output) {
// Do something with $line
}
老实说，您甚至可能会发现在 shell 上执行此操作更容易：
$ samtools view -S $in |cut -f 3|sort|uniq -c|awk '{OFS="\t";print \$2,\$1}' | perl -lne '... do something with $_ ...'
【讨论】：