这个 Perl 子程序有什么问题？答案

【问题标题】：What is wrong with this Perl subroutine?这个 Perl 子程序有什么问题？
【发布时间】：2017-04-21 23:04:33
【问题描述】：

我正在尝试实现一个计算输入字符串的 d 邻居的子例程。这是planted motif search 实现的一部分，但我的问题更为笼统。代码如下：

#subroutine for generating d-neighbors
sub generate_d_neighbors{
    # $sequence is the sequence to generate d-neighbors from
    # $HD is the Hamming Distance
    my ($sequence, $HD) = @_;

    for(my $i = 0; $i=$HD; $i++){
        my @l = ['A', 'C', 'T', 'G'];
        my @t = splice(@l,$sequence[$i]);  
       #TODO
    }
}

错误发生在最后一行，说：

Global symbol "@sequence" requires explicit package name (did you forget to declare "my @sequence"?

据我了解，Perl 不像 Java 中那样采用 subroutine(param1, param2) 形式的参数，但为什么 $sequence 没有被识别为已经初始化？

【问题讨论】：

你使用了$sequence[0]，但是你还没有声明@sequence。在 Perl 中，$sequence 和 @sequence 是两个不同的变量
另外，分配$i=$HD 可能不是您的意思。通常会进行某种比较。
$sequence[0] 是您访问名为@sequence 的数组元素的方式。 Perl 正确地指出它对名为@sequence 的变量一无所知。您可能传递了一个数组 reference，应该使用取消引用箭头访问它：$sequence->[0]

标签： perl subroutine

【解决方案1】：

您的代码存在一些问题：

sub generate_d_neighbors{
    my ($sequence, $HD) = @_;

    for(my $i = 0; $i=$HD; $i++){
        my @l = ['A', 'C', 'T', 'G'];
        my @t = splice(@l,$sequence[$i]);  
    }
}

首先我们来看看

    for(my $i = 0; $i=$HD; $i++){

假设$HD 不为零，则此循环将永远不会终止，因为条件永远不会为假。如果您希望$i 的范围从0 到$HD，则将语句写为for my $i (0 .. $HD) 会更好。

第二，你有

        my @t = splice(@l,$sequence[$i]);

您似乎假设有一个数组 @sequence 并且您正在尝试访问它的第一个元素。但是，$sequence 是对数组的引用。因此，您应该使用

$sequence->[$i]

第三（感谢@Ikegami），你有

        my @l = ['A', 'C', 'T', 'G'];

在for-loop 的主体中。然后@l 将包含一个元素，一个对包含元素'A'、'C'、'T' 和'G' 的匿名数组的引用。相反，使用：

my @l = qw(A C T G);

我不确定你想用splice(@l, $sequence->[$i]) 实现什么，但最好写成：

 my @t = @l[0 .. ($sequence->[$i] - 1)];

实际上，您可以将这两个分配简化为：

 my @t = qw(A C T G)[0 .. ($sequence->[$i] - 1)];

【讨论】：

@ikegami 感谢您指出这些。我不确定在原始 sn-p 中使用 splice 是否是 OP 的意图，但从表面上看，我试图采纳您的反馈。
拼接线用于移除当前位置的底座。例如，$sequence = "ATG"; 和 $HD = 1; 在位置 0，我想删除 A，只剩下 C T G。同样对于位置 1，删除 T 并留下 A C G 等。
那么，$sequence 是简单的标量还是对数组的引用？
@SinanÜnür 对数组的引用，是的。这样我就可以在generate_d_neighbors 中输入一个序列（数组），并将序列中每个位置的字母替换为其他 3 个可能的字母。
splice(@x, 2) 从索引 2 开始删除所有内容。看来你需要grep。

【解决方案2】：

它看起来像你想要的

substring($sequence, 0, 1)

而不是

$sequence[0].

在 Perl 中，字符串是第一类变量，而不是数组类型。

或者你想要splice(@l, $sequence->[0])？

【讨论】：

糟糕，刚刚编辑了问题。意思是 $i 并且没有 0

【解决方案3】：

这个列表赋值语法：

my (@sequence, $HD) = @_;

没有做你希望它做的事情（把最后一个参数放在$HD 中，其余的放在@sequence 中）。数组总是接受它可以接受的所有参数，后面的任何参数都没有。

对于只有一个数组的情况，可以颠倒顺序：

my ($HD, @sequence) = @_;

然后你在调用者中做出相应的改变。

要更一般地解决问题，请使用参考：

my ($sequence, $HD) = @_;

并像这样调用子：

generate_d_neighbors(\@foo, $bar);

或者这个：

# Note the brackets, which make an array reference, unlike parentheses
# which would result in a flat list.
generate_d_neighbors([...], 42);

如果你使用原型：

sub generate_d_neighbors (\@$)

然后调用者可以说

generate_d_neighbors(@foo, $bar);

并且@foo 自动成为引用，就好像它曾经是\@foo。

如果您使用任何基于引用的解决方案，则必须按照以下规则更改函数主体以使用 $sequence 而不是 @sequence：

将@sequence 更改为@$sequence
将$#sequence 更改为$#$sequence
将$sequence[...] 更改为$sequence->[...]
将@sequence[...] 更改为@$sequence[...]（但请确保您确实打算使用数组切片...如果您是perl 新手，您可能不是故意的，应该改用$sequence[...]）

【讨论】：