如何在 perl 中提取特定列？答案

【问题标题】：How can I extract specific columns in perl?如何在 perl 中提取特定列？
【发布时间】：2017-07-12 22:13:31
【问题描述】：

chr1    1   10  el1
chr1    13  20  el2
chr1    50  55  el3

我有这个制表符分隔的文件，我想使用 perl 提取第二列和第三列。我该怎么做？

我尝试使用文件处理程序读取文件并将其存储在字符串中，然后将字符串转换为数组，但它没有让我到任何地方。

我的尝试是：

while (defined($line=<FILE_HANDLE>)) {
    my @tf1;
    @tf1 = split(/\t/ , $line);
}

【问题讨论】：

那是您在脚本中编写的代码吗？ while 代码块周围缺少大括号，如果您输入“use strict;”，则会产生错误。在脚本的顶部
我的整个代码超过 100 行，它包含使用严格和使用警告。这只是摘录
原样的代码（带有大括号）应该做你想做的事——所以问题很可能出在其他地方。 minimal reproducible example 会告诉我们问题出在哪里
你的代码真的有那么糟糕吗？我不明白为什么人们不花更多的精力来格式化他们的代码。
我已经修复了您的代码格式。不客气，但请以后自己做。当您要求陌生人阅读和理解您的代码时，尽可能让其易于理解是礼貌的做法。

标签： perl

【解决方案1】：

在标签上简单地自动拆分

#                                      ↓ index starts on 0
$ perl -F'\t' -lane'print join ",", @F[1,2]' inputfile

输出：

1,10
13,20
50,55

见perlrun。

【讨论】：

【解决方案2】：

use strict;

my $input=shift or die "must provide <input_file> as an argument\n";

open(my $in,"<",$input) or die "Cannot open $input for reading: $!";

while(<$in>)
{
    my @tf1=split(/\t/,$_);
    print "$tf1[1]|$tf1[2]\n"; # $tf1[1] is the second column and $tf1[2] is the third column
}
close($in)

【讨论】：

【解决方案3】：

你有什么问题？您的代码已经完成了所有困难的部分。

while (defined($line=<FILE_HANDLE>)) {
    my @tf1;
    @tf1 = split(/\t/ , $line);
}

您的@tf1 数组中有所有三列（顺便说一下 - 您的变量命名需要认真工作！）您现在需要做的就是打印数组中的第二个和第三个元素（但请记住 Perl 数组元素从零开始编号）。

print "$tf1[1] / $tf1[2]\n";

利用 Perl 的默认行为可以大大简化您的代码。

while (<FILE_HANDLE>) {          # Store record in $_
    my @tf1 = split(/\t/);       # Declare and initialise on one line
                                 # split() works on $_ by default
    print "$tf1[1] / $tf1[2]\n";
}

【讨论】：

【解决方案4】：

比@daxim 更简洁：

perl -aE 'say "@F[1,2]" ' file

另请参阅：How to sort an array or table by column in perl?

【讨论】：