Perl 中未定义的子例程和主要错误

Question

我正在尝试从这个 FASTA 文件中提取一个 DNA 序列到每行指定长度的碱基，比如 40 个。

> sample dna  (This is a typical fasta header.)
agatggcggcgctgaggggtcttgggggctctaggccggccacctactgg
tttgcagcggagacgacgcatggggcctgcgcaataggagtacgctgcct
gggaggcgtgactagaagcggaagtagttgtgggcgcctttgcaaccgcc
tgggacgccgccgagtggtctgtgcaggttcgcgggtcgctggcgggggt

使用这个 Perl 模块 (fasta.pm)：

package fasta;
use strict;

sub read_fasta ($filename) {
    my $filename = @_;
    open (my $FH_IN, "<", $filename) or die "Can't open file: $filename $!";
    my @lines = <$FH_IN>;
    chomp @lines;
    return @lines;
}

sub read_seq (\@lines) {
    my $linesRef = @_;
    my @lines = @{$linesRef};
    my @seq;
    foreach my $line (@lines) {
        if ($line!~ /^>/) {
            print "$line\n";
            push (@seq, $line);
        }
    }
    return @seq;
}

sub print_seq_40 (\@seq) {
    my $linesRef = @_;
    my @lines = @{$linesRef};
    my $seq;
    foreach my $line (@lines) {
        $seq = $seq.$line;
    }

    my $i= 0;
    my $seq_line;
    while (($i+1)*40 < length ($seq)) {
        my $seq_line = substr ($seq, $i*40, 40);
        print "$seq_line\n";
        $i++;
    }
    $seq_line = substr ($seq, $i*40);
    print "$seq_line\n";
}
1;

主脚本是

use strict;
use warnings;
use fasta;

print "What is your filename: ";
my $filename = <STDIN>;
chomp $filename;

my @lines = read_fasta ($filename);
my @seq = read_seq (\@lines);
print_seq_40 (\@seq);
exit;

这是我得到的错误

Undefined subroutine &main::read_fasta called at q2.pl line 13, <STDIN> line 1.

谁能告诉我我做错了什么？

Answer 1

看起来你对此一无所知。

我认为您选择使用模块和子例程有点奇怪，因为您只调用每个子例程一次并且对应的代码确实很少。

您的程序和模块都需要以use strict 和use warnings 开头，并且不能在Perl 子例程中使用这样的原型。包括许多其他错误，这更接近您需要的代码。

package Fasta;

use strict;
use warnings;
use 5.010;
use autodie;

use base 'Exporter';

our @EXPORT = qw/ read_fasta read_seq print_seq_40 /;

sub read_fasta {
  my ($filename) = @_;

  open my $fh_in, '<', $filename;
  chomp(my @lines = <$fh_in>);

  @lines;
}

sub read_seq {
  my ($lines_ref) = $_[0];

  grep { not /^>/ } @$lines_ref;
}

sub print_seq_40 {
  my ($lines_ref) = @_;

  print "$_\n" for unpack '(A40)*', join '', @$lines_ref;
}

1;

q2.pl

use strict;
use warnings;

use Fasta qw/ read_fasta read_seq print_seq_40 /;

print "What is your filename: ";
my $filename = <STDIN>;
chomp $filename;

my @lines = read_fasta($filename);
my @seq = read_seq(\@lines);
print_seq_40(\@seq);

Answer 2

您需要：

• 添加到您的模块：

  use Exporter;
  our @EXPORT = qw ( read_fasta
                     read_seq ); #etc.
  

• 显式调用远程模块中的代码：

  fasta::read_fasta();
  

• 显式导入模块子：

  use fasta qw ( read_fasta );
  

另外：模块的一般约定是将模块名称的第一个字母大写。

Answer 3

在 Perl 中，如果您 use fasta;，这不会自动将其所有方法导出到程序的命名空间中。改为调用 fasta::read_fasta。

或者：使用Exporter 自动导出方法或启用use Fasta qw/read_fasta/ 之类的东西。

例如：

package Fasta;
require Exporter;
our @ISA = qw(Exporter);
our @EXPORT_OK = qw/read_fasta read_seq read_seq40/;

使用方法：

use Fasta qw/read_fasta read_seq read_seq40/;

您也可以让 Fasta 自动导出所有方法或定义关键字来分组方法，尽管后者在过去给我带来了一些问题，只有在您确定它值得麻烦时，我才会推荐它。

如果你想让所有方法都可用：

package Fasta;
use Exporter;
our @ISA = qw(Exporter);
our @EXPORT = qw/read_fasta read_seq read_seq40/;

注意@EXPORT 不是@EXPORT_OK。后者允许稍后导入它们（就像我一样），前者自动导出所有。我链接到的文档说明了这一点。

我刚刚注意到别的东西。您正在将 @_ 扁平化为 read_fasta 中的 $filename。我不确定这是否有效。试试这个：

sub read_fasta {
   my $filename = $_[0]; # or ($filename) = @_; @_ is an array. $filename not.
}

解释问题：$filename = @_; 表示：将@_（一个数组）存储到 $filename（一个标量）中。 Perl 以这种方式做到这一点：数组长度存储在 $filename 中。那不是你想要的。你想要数组的第一个元素。那将是 $_[0]。

添加了可能需要的 @ISA 或使用 Borodir 的评论。