在 R 会话中设置 --args 的值答案

【问题标题】：Set value of --args from within R session在 R 会话中设置 --args 的值
【发布时间】：2013-06-16 21:25:00
【问题描述】：

我想使用evaluate 包来模拟执行（大量）r 脚本，同时使用评估记录输出。 Evaluate 正是为了做到这一点而设计的，它几乎可以开箱即用。但是，在使用 Rscript 时，用户通过命令行 --args 传递参数，这些参数在 R 中使用 base::commandArgs 函数检索。

有什么明智的方法可以让我在正在运行的 R 会话中覆盖 --args 的值，这样使用 base::commandArgs() 的 R 脚本就可以按预期工作，而无需修改脚本本身？

【问题讨论】：

为什么不在当前会话中设置参数？即在控制台输入args <- c(arge1,arg1,...)
我希望它适用于 3rd 方 r-scripts。
我不明白你的意思。我的意思是，您只需在脚本#args <- commandArgs(TRUE) 中注释一行，然后在控制台中定义args，然后再定义source('script_name')。
假设我有 10000000 个来自其他人的脚本，它们可能会或可能不会在某处使用 commandArgs，我想运行它们。
我不能假设任何事情。如果您有 10000000 个脚本要运行您将此信息添加到您的问题中。以及如何测试 10000000 个脚本的参数。

标签： r evaluate cran rscript

【解决方案1】：

这是@spacedman 的答案，它是一个简单的基于 Rcpp 的实现。我们必须在向量上做一些体操，才能把它变成char** 格式：

#include "Rcpp.h"
#include "R_ext/RStartup.h"

// [[Rcpp::export]]
void setCmdArgs(std::vector<std::string> x) {
  std::vector<char*> vec(x.size());
  for (unsigned int i=0; i<x.size(); i++) 
    vec[i] = const_cast<char*>(x[i].c_str());
  R_set_command_line_arguments(x.size(), static_cast<char**>(&(vec[0])));
}

/*** R
setCmdArgs(c("hello", "world"))
commandArgs()
setCmdArgs(c("good", "bye", "my", "friend"))
commandArgs()
*/

如果您将其保存在文件中并通过一次调用 sourceCpp() 将其拉入，则 R 底部的 sn-p 也被执行：

R> sourceCpp("/tmp/spacedman.cpp")

R> setCmdArgs(c("hello", "world"))

R> commandArgs()
[1] "hello" "world"

R> setCmdArgs(c("good", "bye", "my", "friend"))

R> commandArgs()
[1] "good"   "bye"    "my"     "friend"
R>

【讨论】：

【解决方案2】：

我钻研了 R 的肠子，想出了一些臭肠子来玩。

命令行从C的argc/argv复制到一个全局C变量中，源码中有这个函数：

void R_set_command_line_arguments(int argc, char **argv)

所以我们需要一个小的 C 包装器来解决第一个参数不是指针的事实：

#include "R.h"
#include "R_ext/RStartup.h"
void set_command(int *pargc, char **argv){
  R_set_command_line_arguments(*pargc, argv);
}

按常规方式编译：

R CMD SHLIB setit.c

加载，调用：

> dyn.load("setit.so")
> commandArgs()
[1] "/usr/lib/R/bin/exec/R"
> invisible(.C("set_command",as.integer(2),c("Foo","Bar")))
> commandArgs()
[1] "Foo" "Bar"

从那时起，commandArgs() 将返回该向量，直到您更改它为止。

【讨论】：

即使这一切闻起来不是很好:) 但很高兴知道如何破解一些 R'C 代码。

【解决方案3】：

在脚本的顶部，您将commandArgs 设置为TRUE，如果您不在命令行上传递任何内容，则变量的长度将是0，因此请使用if 语句来分配一些当您实际上没有传递命令行参数时的值。如果您需要小心使用默认值，您可以在使用命令行参数的默认值时设置一个标志以打印消息。

args <- commandArgs(TRUE)
argDefault <- FALSE
if( length(args) == 0 ){
   args <- whatever you want
   argDefault <- TRUE
}
res <- 2 * args[1]
if( argDefault )
      simpleWarning(message="No command args were passed: Use of default values")

【讨论】：

@agstudy 感谢simpleWarning 的提示，我以前不知道这个。干杯！
这并不能真正解决我的问题。我正在执行（很多）第三方提供的 r 脚本，这些脚本期望通过 commandArgs 输入。