【发布时间】：2015-10-14 10:34:51
【问题描述】：
我正在使用独立的 BLAST 程序，我有一个查询序列以及一个本地创建的数据库。作为输出文件，有一个叫做 %identity 的东西可以识别精确的字符匹配，有没有办法添加一个 % 相似度的列呢？任何帮助将不胜感激。
【问题讨论】：
标签： bioinformatics blast
【发布时间】：2015-10-14 10:34:51
【问题描述】：
我假设您使用的是 BLAST+，并且百分比相似度是指正得分匹配。有一个名为 ppos 的格式说明符将返回 % 正分数匹配。此值与您在网络上完成的 BLAST 中看到的 Positives 值匹配。
这是一个示例命令行：
blastp -query protein.fa -db proteindb -outfmt '6 std ppos'
第 12 个字段将是查询名称、主题名称等的 std 输出。第 13 个字段将是 % 正评分匹配。
【讨论】：
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先生，非常感谢。你能告诉我这些积极的得分比赛的意义吗？我的意思是，它是否考虑了相似类型氨基酸的替代。我搜索了它，但找不到太多。
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正匹配是在用于 BLAST 搜索的替换矩阵中具有正分数的任意两个氨基酸。默认为 BLOSUM62 (en.wikipedia.org/wiki/BLOSUM)。