【问题标题】:Different size assigned分配的不同尺寸
【发布时间】:2018-11-21 16:49:07
【问题描述】:

我正在尝试从 Bioconductor 安装石墨包。但是,尽管能够创建更大尺寸的对象,但我一直无法分配大小为 XXX 的向量。

> BiocManager::install("graphite")
Bioconductor version 3.8 (BiocManager 1.30.3), R 3.5.1 (2018-07-02)
Installing package(s) 'graphite'
trying URL 'https://bioconductor.org/packages/3.8/bioc/src/contrib/graphite_1.28.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 4937193 bytes (4.7 MB)
==================================================
downloaded 4.7 MB

* installing *source* package ‘graphite’ ...
** R
Error : cannot allocate vector of size 844.3 Mb
ERROR: unable to build sysdata DB for package ‘graphite’
* removing ‘/usr/lib/R/site-library/graphite’

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpeRdRny/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, repos = repos, ...) :
  installation of package ‘graphite’ had non-zero exit status
> print(object.size(runif(129999999)), units = "Mb")
991.8 Mb

即使我使用R --vanilla 开始一个新会话,它也不起作用。该问题可能与为包构建 sysdata 数据库有关。但我不知道如何解决它(作为用户)。如何安装?

【问题讨论】:

    标签: r installation


    【解决方案1】:

    这个问题似乎是在制作包时出现的。我posted 另一个错误我进入了 Bioconductor 的支持站点,作者回答修复了版本 1.29.1(软件包的开发版)上的错误。 所以解决办法是安装最新版本的包:

    remotes::install_git("https://git.bioconductor.org/packages/graphite", ref = "master")
    

    【讨论】:

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