Rscript：没有包叫...？

Question

我想使用 Rscript 以批处理模式运行 R 文件，但它似乎没有加载我需要的库。我得到的具体错误是：

Error in library(timeSeries) : there is no package called 'timeSeries'
Execution halted

但是我确实有包 timeSeries 并且可以从命令行从 Rstudio、RGui 和 R 加载它没问题。问题似乎只存在于使用 Rscript 运行脚本时。

我的系统/环境变量配置为：

C:\Program Files\R\R-3.1.0\bin\x64 (Appended to PATH)
R_HOME = C:\Program Files\R\R-3.1.0
R_User = Patrick

我从命令行在 RStudio、RGui 和 R 中运行相同版本的 R。我还检查了这三个来源的.Library，也得到了相同的输出。

如何使用我在 R 中使用（并已安装）的软件包从命令行运行 Rscript？

编辑：

我在script.r所在目录的windows命令行中通过Rscript script.r使用Rscript。

Rscript -e print(.Library) 的输出是[1] "C:/PROGRA~1/R/R-31~1.0/library"

这与我提到的其他三个选项一致：[1] "C:/PROGRA~1/R/R-31~1.0/library"

但是，如果我把它放在我的脚本中：

print(.libPaths()) 
library(timeSeries) #This is the package that failed to load

我得到以下输出：

[1] "C:/Program Files/R/R-3.1.0/library"
Error in library(timeSeries) : there is no package called 'timeSeries'
Execution halted

RStudio 中的相应调用提供了包实际安装位​​置的附加路径：

> print(.libPaths())
[1] "C:/Users/Patrick/Documents/R/win-library/3.1" "C:/Program Files/R/R-3.1.0/library"    

  

Answer 1

总之，R.exe中调用Sys.getenv('R_LIBS_USER')返回的值需要和命令行调用this返回的值一致：

Rscript.exe -e "Sys.getenv('R_LIBS_USER')"

并且上面的值需要包含在这个命令行调用中：

Rscript.exe -e ".libPaths()"

请注意如果R_USER 的值在.Rprofile 或in target field of user's shortcut to R.exe 中更改，则R.exe 和Rscript.exe 之间的R_LIBS_USER 值可能不同，而且总的来说，我发现用户库（即.libPaths()[2]）根本没有在Rscript.exe中设置

由于我喜欢将R_USER 设置为我的USERPROFILE，因此我在我希望在多台计算机上运行的.R 文件的顶部或Rscript.exe 的.Rprofile 中包含以下块（即Rscript -e "path.expand('~/.Rprofile')"):

# =====================================================================
# For compatibility with Rscript.exe: 
# =====================================================================
if(length(.libPaths()) == 1){
    # We're in Rscript.exe
    possible_lib_paths <- file.path(Sys.getenv(c('USERPROFILE','R_USER')),
                                    "R","win-library",
                                    paste(R.version$major,
                                             substr(R.version$minor,1,1),
                                             sep='.'))
    indx <- which(file.exists(possible_lib_paths))
    if(length(indx)){
       .libPaths(possible_lib_paths[indx[1]])
    }
    # CLEAN UP
    rm(indx,possible_lib_paths)
}
# =====================================================================

Answer 2

如 cmets 中所述，Rscript 似乎无法自动识别库路径默认值。我正在编写一个需要在不同人的计算机上从命令行获取源代码的 R 脚本，所以我想出了这个更通用的解决方法：

• 首先将默认库路径存储在一个变量中（Rscript 源函数可以找到这个，它们只是不会自动）
• 然后将该路径包含在带有lib.loc = 参数的library() 调用中。

• 无论给定计算机上的路径是什么，这都应该有效。

  library.path <- .libPaths()
  library("timeseries", lib.loc = library.path)
  

再次感谢上面的@flodel 让我走上了正确的道路

Answer 3

这个答案不会帮助最初的提问者 (pbreach)，但它可能会帮助其他偶然发现这个问题并与我有类似问题的人。

我有许多 bash .sh 脚本文件，它们调用 RScript 来执行 .R 文件。我的操作系统是Windows 10，我使用cygwin执行那些bash文件。

直到昨天，我终于将我的 R 从 Revolution R 8.0.1 beta 升级到 Microsoft R Open 3.4.1 之前一切正常。升级后，每个调用 RScript 的 bash 脚本都失败，原因与此处询问的完全相同（例如 Error in library(zoo) : there is no package called 'zoo'）。

调查显示，如果从 DOS shell 而不是从 cygwin bash shell 调用，RScript 实际上工作正常。

例如，如果我在 DOS shell 中执行此操作

C:\Progra~1\Microsoft\ROpen~1\R-3.4.1\bin\x64\Rscript.exe -e ".libPaths()"

我看到了输出

[1] "C:/Users/HaroldFinch/Documents/R/win-library/3.4"
[2] "C:/Program Files/Microsoft/R Open/R-3.4.1/library"

我终于找到了原因。 As explained in the R FAQ，要定义它的主目录，R 将首先使用 R_USER 环境变量（如果已定义），否则将使用 HOME 环境变量（如果已定义），否则将使用 Windows“个人”目录。

我的 Windows 配置没有定义 R_USER 或 HOME 环境变量。因此，在DOS shell 的情况下，R 使用我的 Windows“个人”目录 (C:/Users/HaroldFinch/Documents)。这很好，因为这是我所有库的安装位置 (C:/Users/HaroldFinch/Documents/R/win-library/3.4)。

相比之下，cygwin 定义并导出了一个指向我的cygwin 用户目录的HOME 环境变量，该目录缺少任何R 内容。因此，从cygwin 调用的RScript 有一个错误的R 主目录，因此无法加载库。

可能有很多方法可以解决这个问题。我决定让我的 bash 脚本设置一个指向我的 Windows 用户目录的 R_USER 环境变量。

例如，如果我在 cygwin bash shell 中执行此操作：

R_USER="C:/Users/HaroldFinch/Documents"
export R_USER
/cygdrive/c/Progra~1/Microsoft/ROpen~1/R-3.4.1/bin/x64/Rscript.exe -e ".libPaths()"

我看到了输出

[1] "C:/Users/HaroldFinch/Documents/R/win-library/3.4"
[2] "C:/Program Files/Microsoft/R Open/R-3.4.1/library"

现在的输出与上面的 DOS shell 示例完全相同。

Answer 4

另一个原因是packrat。如果您使用 packrat 运行，RStudio 会在您打开项目时为您打开它。 RScript 没有，因此您需要在脚本的早期（在库调用之前）使用packrat::on()。

Answer 5

正如其他人已经指出的那样，问题是 Rscript.exe 无法识别 win-library 文件夹。对我来说最简单的解决方案是通过添加显式设置库文件夹的路径：

.libPaths("C:/Users/Benutzer1/Documents/R/win-library/4.0")

到我的程序。然后它会从 win-library 文件夹中加载所有包，它仍然能够从标准库文件夹中加载包。